Приход Ныо был основан в 1852 году. В его состав вошли православные эстонцы, которые раньше относились к Тартускому приходу. Первоначальные богослужения проводились в арендованных помещениях. Здание церкви, построенное в 1873 году, с архитектурной точки зрения заслуживает внимания. Восточную часть храма, построенную из белёного бута и красного кирпича, украшает колокольня. К центральному нефу здания примыкает прямоугольная апсида, а над центральным нефом располагается восьмигранный барабан с парными окнами, большим луковичным куполом и наугольной башней с четырьмя шпилями-луковицами. Внутреннее убранство церкви простое – иконостас относится к концу XIX столетия. В 1890 году количество прихожан составляло 525 человек. В 1962 году приход объединился с недавно упразднённым приходом Элва, который в основном состоял из русских прихожан. Вследствии этого, наряду с богослужениями на эстонском языке, в храме стали проводится службы на церковно-славянском языке. В 1977 году церковь в Ныо дважды подвергалась нападению вандалов, были урадены иконы, церковная утварь из драгоценных металлов. В 1993 году храм вновь подвергся нападению. В начале XXI столетия, благодаря средствам пожертвования, была отремонтирована крыша церкви.