Деревянная церковь в селе Бортничи, посвященная Покрову Богородицы, известна с XVIII в. Можно предположить, что она была значительных размеров, поскольку в 1892 г. сюда был перенесен старый иконостас из Кирилловской церкви.
Церковь закрыли между 1934 и 1936 гг. Приход перед этим принадлежал к "старославянской" конфессии.
Храм сгорел во время Второй мировой войны. Во второй половине 1940-х годов сельским священником был назначен священник Леонид Соболев. Благодаря его энергии силами прихожан в течение 13 лет была сооружена и украшена новая деревянная церковь с приделом во имя прп. Серафима Саровского и колокольней. Отец Леонид лично написал для храма около 50 икон.
Покровский храм построен после Великой Отечественной войны и никогда не закрывался.