Храм построен усилиями командира 28-ой артиллерийской бригады генерал-майора Ивана Петровича Лемтюжникова в 1868-69 годах. Он входил в строительный комитет по возведению соборной церкви в честь Святой Троицы в г. Вилькомире (так раньше назывался г. Укмярге).
Еще при закладке Свято-Троицкой церкви в 1865 году Лемтюжников высказал мысль о необходимости навести порядок на Вилкомирском православном кладбище. Оно находилось в версте от города и представляло собой открытый всем ветрам участок заброшенного поля. Генерал поделился своей озабоченностью с местным обществом, и оно отозвалось на призыв дружными пожертвованиями. Когда основные работы по благоустройству кладбища закончились, выяснилось, что использованы далеко не все пожертвованные средства. Тогда у генерала Лемтюжникова возникла идея о возведении кладбищенской церкви. После того как был составлен предварительный проект, он был отправлен в Литовскую духовную консисторию с сообщением о финансовой возможности построить кладбищенский храм.
19 апреля 1868 года епископ Александр (Добрынин), викарий Ковенский, наложил на рапорте положительную резолюцию. Неутомимый генерал принялся изыскивать дополнительные ресурсы, теперь на возведение кладбищенской церкви. И церковь, хоть и небольшую, деревянную, в форме корабля, увенчанного куполом, вскоре соорудили. Непреднамеренно получилось, что обе церкви - и соборная, и кладбищенская, были завершены одновременно.
По материалам официального сайта Виленско-Литовской епархии