Изначально это была домовая церковь при богадельне для неимущих престарелых мужчин и женщин из числа православных граждан купеческого и ремесленного сословия. Построена в 1896 году. Небольшая кирпичная церковь в виде базилики с декором в романском стиле. Пристроена с юга к зданию богадельни, построенной на средства купца В. С. Зипалова, освящена в 1896. Закрыта в 1929. В 2002 освящена как часовня, приписана к Лазаревской церкви. После смерти мецената богадельню содержала его вдова Гликерия Никитична, а затем их дети, которые были похоронены в фамильном склепе под церковным залом.
У входа в храм находился надгробный камень с мраморным крестом. Здесь покоится известный осетинский просветитель, протоиерей Александр Цаликов, в последние годы своей жизни часто проводивший богослужения в храме. Ныне сохранился только надгробный камень. Службы в домовой церкви, ставшей после революции приходской, продолжались до 1929 года.
Здание бывшей богадельни с церковью было национализировано и позднее стало административным корпусом военного санатория. С 1992 г. началось постепенное восстановление храма. Первые иконы и утварь пожертвовали различные благотворители. 10 октября 2002 г., в день 80-летия Центрального военного санатория, в отреставрированном здании была торжественно освящена часовня во имя святителя Василия Великого, «первый в России храм при военном санатории».