Первое поселение (недалеко от места современного города Куйбышева) было основано в 1722 году как военное укрепление - Каинский Пас для защиты местного населения. Рядом с форпостом выросла слобода Каин, которая в 1772 году была перенесена на место нынешнего города. В 1782 году поселение было преобразовано в уездный город Каинск.
Летом 1903 г. в Каинске была заложена пятая церковь. В городе до этого уже были построены четыре храма: Спасский собор, Духовская кладбищенская церковь, Никольская гимназическая церковь и Иннокентьевская тюремная церковь. Строительство Иоанно-Предтеченской церкви велось на пожертвования вдовы каинского купца 1-й гильдии Ивана Васильевича Шкроева - Александры Ивановны. По завершении строительства был совершен осмотр церкви исполняющим должность губернского архитектора Кондаковым и младшим инженером Строительного отделения Томского губернского управления А.Д. Крячковым (в последствии известный сибирский, а затем новосибирский архитектор) в присутствии настоятеля Спасского собора протоиерея Николая Вавилова.
18 ноября 1904 года архиепископ Томский и Барнаульский Макарий (Невский) освятил новосооруженный храм во имя святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна. На колокольне храма размещалось шесть колоколов, самый большой них весил 1697 кг. Приход Иоанно-Предтеченской церкви составлял город Каинск и к 1911 году насчитывал 551 человек. В храме служили один священник и один псаломщик.
Данные метрических книг показывают, что священниками Иоанно-Предтеченской церкви в разные годы состояли: Трифон Савицкий (1904-1909 гг.), Евгений Белоруссов (1909-1925 гг.), Николай Сырнев (с 1925 г., позднее - протоиерей, настоятель Успенской церкви г. Новосибирска), диаконами: Михаил Покровский (1913-1916 гг.), Иоанн Псарев (1916-1922? гг.), Филипп Денисов (1925-1927 гг.), псаломщиками: Михаил Голиков (1906-1907 гг., с 1907 по 1908 гг. диакон при этой же церкви), Алексий Филимонов (1909-1910 гг.), С. Новичков (1910-1911 гг.), Алексий Устинов (1911-1913 гг.) В настоящее время имеются биографическими сведениями о священнике Евгении Белоруссове и диаконе Михаиле Покровском.
В списке приходов, составленном около 1927-1928 года, Иоанно-Предтеченский храм значится как центр Каинского благочиния Новосибирской епархии Тихоновской ориентации. В Каинское благочиние входило 14 приходов.
Храм для посещения верующих был открыт до 1940 года. В 1940 году Новосибирским Облисполкомом было принято решение от 29 июня за № 161 о закрытии храма. После закрытия церковь подверглась капитальной перестройке: были разрушены купол, семь луковичных глав, колокольня, иконостас, люстра-паникадило. Южный фасад позднее был закрыт кирпичной пристройкой, часть окон заложена кирпичом. В помещении храма размещались склад воинской части, затем кинотеатр "Октябрь" (до конца 1980-х гг.). Все попытки верующих после Великой Отечественной войны вернуть храм заканчивались безрезультатно.
16 февраля 1987 г. решением Новосибирского Облисполкома за № 53 Иоанно-Предтеченская церковь была поставлена на государственную охрану как памятник архитектуры регионального значения. В 1992 году храм был возвращен Русской Православной Церкви.
В 1993 году храм Рождества Иоанна Предтечи освящен Преосвященнейшим Тихоном, епископом Новосибирским и Барнаульским. В 1995 году восстановлена колокольня. В праздник Святой Троицы в 1996 году были освящены и подняты на колокольню 8 колоколов, изготовленные фирмой «Пятков и Ко» в г.Каменск-Уральский.
В 2007 году по распоряжению городской администрации приходу было передано здание приходского училища, построенное на средства А.И. Шкроевой в 1906 году. Во времена советской власти там было помещение средней школы, затем Станции юных техников. В этом здании были размещены приходские: воскресная школа, ризница, библиотека, трапезная, столярная мастерская и мастерская церковного художника. В 2008 году была разобрана пристройка, и храм обрел свой первозданный вид. В 2009 году на территории храма началось строительство административного корпуса прихода. В 2010 году закончена реставрация фасадов храма.
Памятники истории, архитектуры и монументального искусства Новосибирской области. Каталог. Книга 2, Новосибирск 2000.
Журнал "Сибирь православная" № 3(3) октябрь 2004, ст..Шабунин Е.А. Иоанно-Предтеченская церковь города Каинска", стр.4-5.
Летопись прихода. Источник: сайт «Образование и Православие» Новосибирской митрополии