Александро-Невская церковь была построена в 1898 году в память императора Александра III в предместье Вильны Новый Свет (ныне Науйининкай) по инициативе православного Свято-Духова братства.

После своего открытия храм стал называться церковью-школой, так как при ней было устроено церковноприходское училище. В 1923 году с приходом Александро-Невской церкви был объединён Свято-Ефросиниевский приход. В 1937 году храм и прилегающие строения были переданы Марие-Магдалинскому женскому монастырю.

В июле 1944 года церковь и монастырские строения значительно пострадали при бомбардировке авиацией железнодорожного вокзала. Сестры Мариинской обители на протяжении нескольких лет ремонтировали здания. 8 ноября 1951 года архиепископ Виленский и Литовский Фотий (Тапиро) освятил восстановленный храм.

В 1960 году 28 мариинских монахинь были переселены в отдельный корпус Свято-Духова монастыря, часть была отправлена в Пюхтицкий Успенский монастырь. Здание церкви было передано на баланс Министерства культуры Литовской ССР, а в сестринском корпусе разместилась колония для трудновоспитуемых девочек подростков. В 1990 году церковь и двухэтажный каменный дом были возвращены Литовской епархии.

Начиная с 6 декабря 2012 — дня памяти cвятого благоверногокнязя Александра Невского, в Александро-Невском храме Вильнюса будут возобновлены регулярные богослужения.

Источник: сайт "Православие.ру" http://www.pravoslavie.ru/news/57841.htm