В начале ХVII века, когда шайки поляков опустошали города и селения, грабили и сжигали храмы и обители иноческие, пришёл в дремучие леса, на берег речки Вори, настоятель бывшего Стромынского Троицкого монастыря иеромонах Варлаам с иконой Святителя Николая Чудотворца и поселился здесь в чудном месте на берегу небольшой реки. Пришёл он сюда около 1606 года, после того, как Стромынскую обитель разорили польские интервенты. Спустя некоторое время, к отцу Варлааму стала стекаться братия из уничтоженных поляками окрестных монастырей. В историческом очерке 1875 года написано следующее: "Скоро разнеслась молва о пришельцах, о часовне и о находившейся в ней иконе, и дотоле безмолвное место оживилось толпами богомольцев, и дремучие леса огласились звуками молитвенных песнопений". В самом центре старинного погоста, на месте теперешнего Троицкого собора, отец Варлаам с братией строят каменный храм во имя Святителя Николая Чудотворца. Это место с тех пор стало местом главного храма Николаевской Берлюковской пустыни.
1613 год - год постройки и освящения храма Николая Чудотворца. Но это, так же и год окончания Смуты и воцарения Дома Романовых на российском престоле. Таким образом, храм, построенный отцом Варлаамом со своими единомышленниками, стал одним из первых на Богородской земле, указ об освящении которого подписал Царь Михаил Фёдорович, первый из династии Романовых, взошедший на российский престол. В 1701 году после смерти последнего Патриарха Адриана, земля на которой стоит храм св. Николая, изымается из ведения Патриаршего казённого приказа и приписывается к Московскому Чудову монастырю. К этому времени следует, вероятно, отнести рождение деревни Авдотьино. Монастырские крестьяне стали первыми жителями Авдотьино. Зависимость от Чудова монастыря продолжалась недолго, ибо: "нашелся некий боголюбивый мирянин, купецкий человек, Вукол Мартынов, тяглец мещанской слободы, изъявивший желание свое, по обещанию выстроить вновь храм во имя Святителя и чудотворца Николая, и ему выдан был храмозданный указ, за подписью Казначея Синодального Дома, Антония". В 1714 году, 31 мая, началось возведение нового храма. Уже через год: "1715 года, сентября в 14 день, по указу великаго государя и по помете на челобитной казначея иеромонаха Антония Яковлева, велено новопостроенной церкви во имя Николая Чудотворца, которую построил по обещанию своему Мещанской слободы тяглец Викула Мартынов в Московском уезде в Вохонской десятине, на пустынной церковной Николаевской земле... дани 31 алтын 4 денги и те данныя деньги велено имать с нынешнего 1715 года".
Сразу после строительства храма Николая Чудотворца Викула Мартынов постригается в монашество в Николаевскую Берлюковскую пустынь с именем Василий. В 1719 году церковь во имя Святителя Николая Чудотворца становится уже обителью и называется Николаевской пустынью. Секуляризация стала следующим после петровских реформ, жесточайшим ударом по монашеству и повлияла на жизнь всех российских монастырей: "По итогам 1764 года из 954 монастырей более половины (569) были упразднены, за штатом остались 161". Николаевской Берлюковской пустыни в это время удалось устоять. Поскольку обитель не имела вотчин и крепостных крестьян, то и отбирать было нечего, а потому монастырь перешёл в разряд заштатных. В 1778 году при деятельном участии Преосвященного Платона (Левшина), были проведены ремонтные работы в монастырском храме во имя Святителя Николая Чудотворца. Храм был обновлён, немного расширен, исправлена крыша и глава, а также отремонтирована колокольня при церкви. Перестроенный храм был освящён архиепископом Платоном во имя Святой Троицы.
В 1783 году при содействии благотворителей при храме были устроены два придела во имя Святителя Николая Чудотворца и Великомученика Мины. Более всех способствовал устроению нового придела во имя Великомученика Мины, отставной сержант Преображенского полка - Сергей Иванович Смирнов, сильно почитавший этого мученика. Всего через три года, в 1786 году, казалось бы, совсем недавно обновлённый храм разбирается до основания и на его месте, по плану, начертанному лично архиепископом Платоном, был выстроен новый трёхпрестольный Троицкий собор. Видимо нашлись благотворители, по просьбе которых был построен заново Троицкий собор.
Храм простоял вплоть до 1878 года и был разобран уже при настоятеле Ниле (Сафонове). Отец Нил принимает решение разобрать Троицкий храм и на его месте построить огромный собор по проекту известного московского архитектора Николая Васильевича Никитина в русско-византийском стиле. Мнения по этому поводу разделились. В прессе эта идея поддерживалась, однако, многие из прежней берлюковской братии были против разрушения Троицкого храма, возражая, что он построен ещё при первых отцах, и что именно туда была перенесена обретённая икона. Они считали, что трогать его ни в коем случае нельзя, а построить новый храм можно и в другом месте. Храм всё же был разобран и заложен новый Троицкий собор, но закончить его настоятель Нил не успел. За время его правления удалось только выложить стены и покрыть крышу. Храм во имя Живоначальной Трицы был трёхпрестольный с приделами во имя Святителя Николая Чудотворца и великомученика Мины и, по традиции, тёплый. Под храмом были сразу заложены подвалы с большой духовой печью.
При настоятеле Адриане был окончательно достроен трёхпрестольный храм во имя Живоначальной Трицы. В соборе был установлен трёхъярусный вызолоченный иконостас, шесть икон из общего числа были одеты в красивые серебряные ризы. 29 июня 1884 года состоялось освящение главного престола Высокопреосвященнейшим митрополитом Московским и Коломенским Иоанникием (Рудневым). Престолы боковых приделов - во имя Святителя Николая Чудотворца и во имя великомученика Мины - были освящены Преосвященным Мисаилом, епископом Дмитровским в сослужении о. Адриана, 15 сентября 1884 года. В советское богоборческое время в зимнем Троицком соборе почти 90 лет находился пищеблок дома инвалидов, а с 1972 года для пациентов больницы №16 Департамента здравоохранения города Москвы.
Из книги: А. Панин, И. Григорьева, В. Дмитриев "История Николаевской Берлюковской пустыни". - "Берлюковский Издательский Дом", 2011