Монастырь преподобного Филиппа Ирапского основан в 1517 году в царствование великого князя Василия Иоанновича. В Смутное время между 1611-1618 годами пустынь была «пожжена и разорена, токмо церкви сохранились» после набега шайки польско-литовских захватчиков. В 1676 году пустынь была восстановлена. В 1688 году была приписана грамотою Патриарха Иоакима к Патриаршему Воскресенскому монастырю, бывшему в Череповце. В 1699 году на месте пустыни возник каменный монастырь, просуществовавший до 20-х гг. ХХ века. При учреждении монастырских штатов в 1764 году, Троицкая Филиппо-Ирапская пустынь вместе с Череповским Воскресенским монастырем была упразднена, и монашествующая братия распределена по Вологодским монастырям, а в пустыни определен приходский священник. Пустынь была упраздненной 28 лет.
Во второй половине XIX века Филиппо-Ирапская обитель — исправительное учреждение для провинившихся духовных лиц. В 1912 г. при большом скоплении местного населения и паломников обновленная пустынь отмечала свое 400-летие. Из-за исключительно красивого положения и прекрасных экологических условий возник проект организации при монастыре царской дачи, и была уже куплена икона, с которой монахи предполагали встретить царя, но революция зачеркнула этот план. 2 июля 1915 года в газете «Новгородский Север» напечатано письмо иеромонаха Филиппо-Ирапской пустыни Антония с предложением устроить в пустыни лазарет для больных и раненых воинов, которые томятся сотнями и даже тысячами в городских лазаретах в страшной духоте.
В 1914 году настоятелем пустыни назначается иеромонах Леонид (Молчанов). Его труды по материальному и церковному укреплению пустыни были замечены. В марте следующего года о. Леонид возводится в сан игумена. Имя игумена Леонида (Молчанова) на последнем заседании Священного Синода Русской Православной Церкви в 2005 году включено в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века (будучи настоятелем Сольвычегодского Введенского монастыря, в 1918 году о. Леонид был признан врагом советской власти и расстрелян). В 1918 году имущество обители было национализировано, в монастыре открыт детский дом для сирот гражданской войны, а монахов обязали работать в сельскохозяйственной артели по обслуживанию детей. С 1925 года в пустыни разместился дом отдыха «Андога» Леноблсовпрофа. В 1927 году обитель была закрыта. Колокол с колокольни сняли, да тот не дался в руки – упал с лодки, по сию пору лежит на дне Андоги напротив монастырских ворот. Во время Великой Отечественной войны в монастыре открыли госпиталь. После войны госпиталь преобразовали в дом инвалидов войны, а с 1974 года – в интернат для психбольных.
В 1995 году администрация Кадуйского района безвозмездно передала Вологодскому епархиальному управлению бывший Андогский психоневрологический интернат для восстановления и использования под монастырь. Петербургский архитектор Е.П. Варакин сделал архитектурные чертежи монастыря (сейчас они находятся в Воскресенском соборе). Монастырь пытались реставрировать, но из-за недостатка финансирования дело забросили. Большой ущерб был нанесен монастырю в результате пожара летом 1996 года.
В 2000 г. были обретены мощи Филиппа Ирапского на месте его погребения (возле стены Троицкого собора) и перенесены в восстановленную часовню преподобного в центре Череповца.
http://manorg.ucoz.ru/publ/7-1-0-4