Основным действующим храмом в Иоанно-Казанском монастыре на сегодняшний день является церковь Святой Живоначальной Троицы. Это кирпичная с белокаменными деталями двухэтажная церковь в стиле эклектики с Богородице-Рождественским приделом в нижнем этаже. Автор проекта до сегодняшнего дня остаётся неизвестен.
Величественный двухэтажный двухпрестольный храм построен на месте разобранной и частью перестроенной Преображенской церкви в 1864-м году старицей Дарией из кельи затворника, так как та не вмещала всех приходивших к нему на поклонение. Келья Иоанна оказалась под папертью нового храма. В только что построенную церковь были перенесена рака с мощами преподобного, могила старицы Дарии тоже оказалась под его сводами и была отмечена каменным надгробием. При закладке нового храма колодезь с целительной водой, выкопанный старанием матушки Дарии, стал примыкать к левому алтарю и был благоустроен - над ним выложены своды с арками. В конце февраля 1877 года под сводами построенного ей Троицкой церкви была погребена игумения Серафима, скончавшаяся 13 февраля 1877 года.
Нижний придел освящён только в 1869 году, а верхний - в 1875-м. Массивный четверик, завершённый световым барабаном с луковичной главой и поставленными по углам четырьмя малыми луковичными главами, фланкирует слабо выступающие прямоугольные ризалиты алтаря, боковых входов и более протяжённый прямоугольный притвор. Размеры Троицкого храма слудующие: длина 13 саженей, ширина 11,5 саженей, высота до карниза 10 саженей. Церковь имела пять глав, 15 больших окон и 15 малых на нижнем "тёплом" этаже. В верхнем "холодном" храме привлекал внимание многоярусный, отделанный резьбой и позолотой иконостас. Иконы были выполнены московскими мастерами. В нижней церкви были погребены преподобный затворник Иоанн Сезёновский (с левой стороны от главного алтаря), старица Дария (с правой стороны алтаря) и игумения Серафима (старица Евфимия).
В 1930 году всё церковное имущество было разграблено, большая часть которого продана на торгах. В 1930-60-е гг. этот храм использовался для содержания овец и лошадей. В 1960-65-е гг. в нижнем храме были оборудованы мастерские, а потом склад минеральных удобрений. К началу 1990-х гг. Казанская церковь, как и чудом сохранившиеся другие строения некогда процветавшей обители, были брошены на произвол судьбы и постепенно разрушались. Лишь в 2008 году это храм возрождённой обители был в числе первых восстановлен практически из руин.
С сайта: www.sezenovo-mon.ru