Онежский Крестный монастырь находится на небольшом острове Кие, лежащем в Онежской губе Белого моря, близ устья реки Онеги. Основателем монастыря был патриарх Московский Никон. Ему же предание приписывает и происхождение названия острова. Будучи еще простым иеромонахом в Анзерском ските Соловецкого монастыря, Никон, вследствие разногласия с основателем скита, Преподобным Елеазаром, решился покинуть Анзеры и найти себе для препровождения монашеской жизни другую тихую обитель. Во время переезда из Анзерского скита к реке Онеге, Никона и его спутников застигла великая буря, так что они ежечасно опасались за свою жизнь. Но Никон полагал надежду на милость Божию и силу Животворящего Креста Христова и горячо молился Господу Богу о спасении своем. Бог услышал его молитву: судно их было выброшено на песчаную часть острова, находящегося при устье реки Онеги. Предание говорит, что выйдя на остров, Никон спросил "кий сей остров?" Когда остров оказался без наименования, то Никон сказал: пусть же он называется "Кий". Это был остров пустынный и никем не занятый. Возблагодарив Бога за спасение свое, Никон в память избавления своего от неминуемой смерти водрузил деревянный крест, который существует на Кие острове и по ныне и находится в часовне на берегу моря. Дикая пустынная местность острова, подобная любимым, но покинутым Анзерам, внушила Никону мысль устроить на сем месте обитель и он дал обет, если Богу будет угодно, устроить на Кие острове монастырь в честь Животворящего Креста Господня. Это было в 1639 году.
Прошло с тех пор 13 лет. Никон был уже митрополитом Новгородским и другом царя Алексия Михайловича. В 1652 году он был послан царем в Соловки для перенесения оттуда в Москву мощей Святителя Филиппа. На обратном пути из Соловецкого монастыря он посетил Кий остров, видел Крест, поставленный им в благодарность Богу за свое спасение и возобновил обет устроить монастырь здесь. В память сего вторичного посещения Кия острова Никоном впоследствии была поставлена - и ныне существует - на другом конце острова, к материку, часовня, с Крестом же внутри оной. Во время отсутствия Никона, умер в Москве патриарх Иосиф, и возвратившийся с мощами Святителя Филиппа, Новгородский митрополит Никон упрошен был царем и народом быть патриархом Московским и всея Руси. Сделавшись патриархом, Никон решился привесть в исполнение свой давний обет и испросил у царя грамоту на построение монастыря на Кие острове, которая и была дана в 1656 г. Грамота эта следующего содержания. "От Царя и Великого Князя Алексея Михайловича всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержца в Каргополь Воеводе нашему Федору Игнатьевичу Малыгину. Бил нам челом отец наш и Богомолец, Великий Государь Святейший Никон Патриарх Московский и всея Великия и Малыя и Белыя России; в прошлом де 147 году, как он Великий Государь Святейший Никон Патриарх ехал из Анзерского скита, и в те де поры от морского великого волнения едва не потоплен, но уповая на силу Животворящего Креста спасен пред Онежским устьем к пристанищу к Кию острову, и будучи де на том острове, на воспоминание того своего спасения водрузил на том месте Святый Животворящий Крест. И как де по нашему Великого Государя указу в 160 году послан он Великий Государь Святейший Никон Патриарх по мощи Филиппа Митрополита в Соловецкий монастырь и с его чудотворными мощами морем едучи, на том месте благоволил Бог ему Великому Государю пристать и тот Честный Крест, который он прежде на том месте водрузил, силою Распятого на нем стоит в целости, а тот де остров пуст и ничьих и никаких угодий на нем нет; и быть тут жилецким людям нельзя, потому что на том месте камень голый, и силою де того Животворящего Креста, который на том месте водрузил, мнози веру держаще к нему, от морского потопления спасаются, а как де с мощами Чудотворца Филиппа стоял и обещался на том месте поставить Церковь и монастырь соградить, гречески Ставрос и русски Крестный, во имя Честного и Животворящего Креста и святого Священномученика Чудотворца Филиппа Митрополита, и нам Отца нашего и Богомольца, Великого Государя Святейшего Никона Патриарха Московского и всея Великия и Малыя России пожаловать, повелеть ему на том острову, идеже Честный Крест водрузил, поставить церковь и монастырь соградить во имя Честного и Животворящего Креста и святого Чудотворца Филиппа Митрополита, и жити ту иноком, вземши Крест свой на рамо и последовати Распятому на кресте Иисусу Христу. И мы Великий Государь Отца нашего и Богомольца