Предание относит основание храма к домонгольским временам. Первое документальное свидетельство о нём зафиксировано в 1619 году. Оно, а также известия второй половины ХVII века, сообщают, что храм был тогда деревяннным и в нём находился чтимый образ святителя Николая Чудотворца. Здание, которое сохранилось до наших дней было построено в 1751 году. Деньги на её возведение церкви собирали всем миром. И это понятно: ростовцы к тому времени соскучились по каменному строительству! Дело в том, что по указу Петра I возведение каменных построек вне Петербурга находилось под строгим запретом с 1714 года. Император все ресурсы направил на обустройство новой столицы, и поэтому все работы по возведению каменных зданий и храмов в провинции, на тот период были запрещены. Храм, что стоял на том месте, к тому времени рассохся и обветшал. Настала пора строить новую церковь. Чтобы начать возведение дома Божиего, посадские люди во главе со священником Петром Андреевым и диаконом Григорием Никитиным пошли к Ярославскому и Ростовскому митрополиту Арсению для получения благословения на строительство нового Никольского храма. Митрополит внимательно выслушал представителей инициативной группы и пожелал, чтобы старую деревянную Никольскую церковь разобрали и передали прихожанам села Шугорь, которые её захотели заполучить и поставить у себя в селе. Спустя некоторое время, 21 февраля 1745 года те же священнослужители и прихожане ростовской Николоподозёрской церкви доложили митрополиту Арсению, что его просьба выполнена, которую он предписал просителям в первый свой визит, поведав ему, что деревянная церковь разобрана и отдана приходским людям из села Шугорь Ростовского уезда, а для постройки нового каменного храма, заготовлены все необходимые материалы. После чего на прошении митрополит Арсений написал своей рукой: "Благословляю".
Церковь начали строить, как и положено по весне, когда почва стала сухой. Возведение каменного храма заняло без малого 6 лет, и 9 мая 1751 года Никольская церковь была освящена. Храм освящал святитель Арсений (Мацеевич), который являлся ростовским митрополитом с 1742 по 1763 год. В историю Русской Церкви он вошёл как единственный владыка, открыто выступивший против вмешательства государственной власти в церковные дела. Он резко критиковал планы Екатерины II по изъятию у Церкви земель и недвижимости, указывая на противоречия правительственных распоряжений: с одной стороны - лишение Церкви её благосостояния, с другой - требование создания сети учебных заведений, социальной и благотворительной помощи за церковный счёт. Также выступал против содержания в монастырях душевнобольных лиц, заключённых и отставных солдат. Делу митрополита Арсения был придан политический контекст. По указу императрицы он был лишён сана и сослан сначала в Никольский монастырь под Архангельск, затем расстрижен и заключён в Ревельскую (Таллинскую) крепость, где через некоторое время скончался. Мощи святителя почивают под спудом в Никольском храме города Таллина, являясь одной из главных православных святынь Эстонии. Главный престол рассматриваемого храма посвящён святителю Николаю, придел - иконе Божией Матери "Всех скорбящих Радость". Этот храм не поражает воображение гигантскими размерами и оригинальностью архитектурного ансамбля. Здесь нет пышного декора и необыкновенного убранства. Но несмотря на это, Никольская церковь по-особому мила.
Как уже было сказано, храм выстроен из кирпича, а вот крышу решено было выполнить из дерева. Основной объём храма представляет собой четверик, увенчанный высоким барабаном. Он завершался небольшой луковичной главкой. Особую гордость этому храму составлял резной иконостас с золочёным окладом. Он, как и полагается, был разделён на ярусы и установлен на специальный подиум. Поверхность иконостаса покрыта червонным золотом, а оклады икон украшены сложной ажурной резьбой. Как писали тогда путеводители по Ростову: "...в церкви святителя Николая Чудотоврца, что на Подозерье, иконы, украшающие иконостас, отличного греческого письма, соединяющие новый и древний вкус. В церкви был даже отмечен один образ - за правым клиросом в резном киоте располагалась Владимирская икона Богоматери в серебряном окладе и позолоченном венце. На ризе был нанизан мелкий жемчуг". В 1852 году была заново отделана настенная живопись в тёплом приделе на средства Ростовского мещанина Николая Дмитриевича Гладкова. В 1768 году пришедшую в негодность деревянную кровлю заменили на железную. Примечательно, что средства на проведение данных работ, были вновь собраны прихожанами. Установленная в ХVIII веке кровля сохранилась до наших дней. На пожертвования купца Петра Рыкунина в 1832 году к Никольскому храму была пристроена новая каменная паперть, а в 1845 году вокруг церкви была возведена деревянная ограда. В 1899 году на пожертвования купца Ивана Никоноровича Рыкунина и его сына Петра, была изготовлена и установлена новая церковная железная ограда. Недалеко от Никольского храма, рядом с дорогой, напротив Рождественского монастыря, находилась деревянная часовня приписанная к Никольской церкви. В начале ХХ столетия прихожанами храма числилось 175 человек (82 мужчины и 93 женщины). Стоит сказать, что в 1920 году, Никольская церковь отметила грандиозное празднование, день перенесения мощей святителя Николая из Мир Ликийских в Бари, в рамках которого состоялось торжество по случаю 175-летия начала строительство этого каменного храма. Всенощное бдение и Божественную литургию совершил тогда Агафангел (Преображенский), митрополит Ярославский и Ростовский, проживавший в то время в Спасо-Яковлевском Димитриевом монастыре.
В конце 1920-х годов церковь была закрыта местными властями и приспособлена под хозяйственные нужды. В 1930-е годы были сброшены колокола, разобрана колокольня и главка с барабаном. Бывший храм превратился в безликое рядовое строение, ничем не напоминающее дом Божий. В здании бывшего храма расположился кондитерский цех, работавший вплоть до 1990-х годов. Храм полностью утратил внутреннее убранство, до неузнаваемости был искажён его наружный облик. В середине - второй половине ХХ столетия с запада и севера к храму примкнули обезобразившие его вид кирпичные пристройки. Ко времени передачи Рождественскому монастырю древняя святыня являла собой удручающее зрелище. В 1999 году по просьбе игумении Павлы и сестёр Никольский храм был передан Богородице-Рождественской обители. Затем началась долгая и трудная работа по капитальной реставрации полуразрушенного на то время здания. В 2000-2002 гг. были восстановлены барабан с главой и колокольня по проекту архитектора И. Отрешко. Была восстановлена планировка, интерьер и приведена в порядок прилегающая территория. К концу 2003 года он был не только восстановлен, но, что сегодня очень важно, отреставрирован на научной основе с соблюдением всех требований по реставрации памятников архитектуры. В этом, конечно, большая заслуга настоятельницы Рождественской обители, игумении Павлы.
Реставрационные работы были выполнены квалифицированными специалистами фирмы "Реставратор" и ООО "Гранит". Освящение Никольского храма в 2004 году было приурочено к празднованию праздника Рождества Пресвятой Богородицы (8 января), небесной покровительницы Рождественского монастыря. Великое освящение храма и первую Божественную литургию в нём совершил архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл в сослужении священства храмов и монастырей Ростовского благочинного округа. Наружный декор здания Никольского храма отличается большой сдержанностью. Фасады собственно церкви, трапезной и колокольни по верикали расчленены плоскими лопатками, отвечающими их внутренней структуре. Цокольная часть примерно на высоте одного метра от земли отмечена горизонтальной тягой из двух рядов тесаного кирпича. В завершении собственно храма, трапезной и четверика колокольни устроены однотипные многообломные карнизы напдобие антамблемента. Сходный карниз имелся и в завершении восьмерика колокольни. Барабан церкви в своей нижней части украшен простыми вертикальными тягами со слабо круглящимися соединяющими их перемычками. В верхней части барабана имелись две расположенные одна над другой горизонтальные тяги. Окна здания имеют два типа наличников. Наличники окон верхнего света четверика состоят из плоской тяги (выступающий ряд кирпича), обводящей проём снизу, с боков и сверху. В центре верхней полукруглой части этой тяги помещён выступающий замковый камень, а нижняя тяга составляет единое целое с полукруглым выступом - так называемым фартуком. Наличники остальных окон здания имеют сходные формы, только у них отсутствует фартук. В целом описанный декор церкви, а также форма завершения её колокольни имеют барочный характер, что и не удивительно, ведь памятник строился в эпоху расцвета русского барокко. В то же время бросается в глаза плоскостная, явно не барочная трактовка этого декора.
Несомненно, мышление мастеров, да и заказчиков здания было ориентировано во многом на более ранние образцы архитектуры. Причём эти образцы находились в то время не где-то далеко, а в самом Ростове. Планировочная структура Никольской церкви явно была заимствована у ныне утраченной ростовской Крестовоздвиженской церкви, построенной в 1689-92 гг. Да и общее композиционное решение (церковь-трапезная-колокольня), само по себе весьма традиционное, также восходит к этому храму, который первоначально, по всей видимости, имел на месте поздней колокольни шатровую колокольню. Ряд вертикальных тяг с пологими арочками барабана, конечно, восходит к аркатурно-колончатым поясам церквей ХVII века. Две же верхние горизонтальные тяги барабана заимствованы у ростовского Успенского собора или, что более вероятно, у ростовских церквей ХVII века, строившихся с ориентацией на этот храм. Даже большемерный кирпич, из которого сложена церковь, по своим размерам (29-30х13,5-15х6,5-7,5 см) соответствует кирпичу ХVII столетия. Как видим, в рассмотренной церкви явно выделяются два комплекса черт, один из них непосредственно восходит к местному зодчеству ХVII века, другой - к архитектуре барокко середины ХVIII века. Именно при строительстве данного храма была выработана некая локальная традиция формирования облика приходского храма.
Из путеводителя: Рубцова Мария, Виденеева Алла "Ростов Великий. Святыни и достопримечательности", - издательство: Спасо-Яковлевского Димитриева монастыря, 2019 и с сайта: https://www.rostmuseum.ru/biblioteka/vypusk-ХII-rostov-2002/melnik-a-g--rostov-rostovskaya-nikolskaya-tserkov-na-podozere