Третьим сооружением пустыни была деревянная колокольня типа "восьмерик на четверике", срубленная в 1655 году. Шатер ее, опирающийся на столбы яруса звона, обит был тесом. В древности она была соединена крытыми переходами с Троице-Благовещенской церковью и при обшивке зданий тесом разобранными. При обшивке в 1853 году колокольни закрыли ярус звона, прежде открытый, оставив на фасадах лишь арочные пролеты.
Под колокольней, в четверике, располагалась часовня, где покоились мощи преподобномученика Евфросина Синозерского в бронзовой чеканной раке, сооруженной в память 300-летия Дома Романовых "тщанием" купчихи Кашеваровой. Мощи после вскрытия их в 1936 году некоторое время кощунственно служили "экспонатом" антирелигиозной выставки в г. Череповце. Обнаруженные автором в фондах музея, они были возвращены Церкви в 1991 году и находятся ныне в Казанской церкви г. Устюжны, ожидая своего возвращения на место подвигов преподобного. Кроме того, на колокольне размещалось восемь колоколов, пять из которых считались вкладом царя Алексея Михайловича. На большем из них была отчеканена надпись: "Государь и Великий князь Всероссийский Алексей Михайлович дал сей колокол вкладу Живоначальные Троицы Пречистые Богородицы в пустынь Синозерскую лета 7151 (1643) Марта в 8 день". Колокольня также была сожжена вместе с Троице-Благовещенской церковью 3 августа 1960 года.
В 1955 году все, что еще оставалось в уцелевших зданиях Синозерской пустыни и не было разграблено всеми желающими, было вывезено экспедициями Устюженского и Череповецкого музеев, где находится и поныне.
М. Ю. Хрусталев "Приходские храмы: страницы истории", http://www.booksite.ru/fulltext/cha/god/a1/6.htm