Первый храм в Верхнем камчатском остроге (ныне Милькове) устроен из бывшего молитвенного дома и освящен архимандритом Иоасафом Хотунцевским 23 декабря 1746 г. во имя Богоявления Господня. В 1754 г. 27 июня храм сей смыт разливом реки Камчатки столь внезапным, что едва успели вынести церковные вещи.
Второй храм был освящен архимандритом Пахомием 15 января 1760 г. Когда этот храм пришел ветхость, то приняты были во внимание обстоятельства, что церковь здесь небезопасна от наводнений, что сам Верхнекамчатск, некогда первенствовавший перед другими острогами, теперь стал малолюдным и беднейшим помещением поселенцев, потому было испрошено у св. Синода дозволение перенести верхнекамчатскую церковь вниз по реке за 12 верст в заимку пашенных крестьян, в значительном количестве переведенных сюда из Сибири, именуемую Мильково, от небольшой речки, вливающейся в реку Камчатку. Св. Синод, согласно с ходатайством Иркутского преосв. Михаила II, утвердив сие предположение, пожаловал на вспоможение 1 250 руб.
Первая Мильковская церковь освящена протоиереем Никифором 13 января 1823 г. в прежнее наименование Богоявления Господня. В 1850 г. она заменена новою.
Примечательны при сей церкви вещи:
- колокол с надписью: «1727 года января 17 дня, куплен сей колокол в Москве на Камчатку нижний острог к церкви святителя Николая Чудотворца, весу в нем 3 пуда». Назначение колокола было, как видно, к Николаевской церкви, построенной дворянином Енисейским и сгоревшей во время камчадальского бунта в 1731 г. Вероятно, что сей колокол и был доставлен в Камчатку позднее разрушения Николаевской церкви.
- колокол с надписью: «1761 года лит сей колокол в Верхнекамчатском остроге у церкви Богоявления Господня общего радения приказчика и казаков Василия Иванова Яцкова, веса в нем 14 пуд.».
- колокол с надписью: «1763 года лит сей колокол к вновь построенной часовне святых апостолов Петра и Павла собранием камчадал Тихоном Петром Казенным, весу 3 пуда». Отсюда видно, что по обветшании в Петропавловской гавани Богородско-Рождественской экспедицкой церкви, здесь была устроена временно часовня во имя верховных покровителей места.
- колокол с надписью: «1765 года лит сей колокол к часовне святых апостолов Петра и Павла, весу 1 пуд 25 ф.».
- красная бархатная травчатая священническая риза с надписью на подкладе: «От обители святителя Иннокентия 1825 г. мая 7 дня во время настоятеля архимандрита Николая». Риза эта была прислана священнику сей церкви Михаилу Шишкину в знак личного к нему внимания настоятеля Иркутского Вознесенского монастыря Николая.
В Мильковской Богоявленской церкви первое служение совершено первым епископом Камчатским Иннокентием 30 ноября 1842 г.
Протоиерей П. Громов «Историко-статистическое описание Камчатских церквей». Санкт-Петербург, 1862 г.