Первая деревянная церковь, освящённая в честь Богоявления Господня, ведёт свой отсчёт с момента основания обители, т.е. со второй половины XVI века. По освящению этого главного храма была названа обитель. Несмотря на то, что в 1-й пол. XVII века Кожеезерский монастырь был один из богатейших в Поонежье, а в 1643 -1646 годах в нём настоятелем был будущий патриарх Никон, упразднён монастырь был во время секуляризационной реформы Екатерины II, разделив печальную судьбу многих обителей того времени. С 1764 года его храмы становятся приходскими, но из-за отдалённости монастыря от деревень приход был крайне мал, состоящий только из местных жителей, оставшихся после закрытия монастыря. Деревянные храмы постепенно ветшали, поэтому в 1845 году они становятся приписными. Вскоре стали задумываться об открытии монастыря. В 1849 году, приехавший в бывшую Кожеезерскую обитель о. Митрофан с послушником Троице-Сергиевой Лавры Львом, увидели одни развалины, ветхую деревянную церковь, в которой находилась рака с мощами прп. Никодима Кожеезерского.
В мае 1851 года по указу Священного Синода монастырь был снова возобновлён как приписной к Николаевскому Корельскому монастырю, но вскоре, по Высочайшему указу от 30 мая 1853 года, стал самостоятельным с причислением ко II классу. Первую деревянную церковь в возрождённом монастыре построили в 1887-1889 годах и освятили в честь Богоявления Господня. Это был зимний клетский ярусный храм, четверик которого был увенчан небольшим световым восьмериком под луковичным куполом. Храм имел шатровую одноярусную колокольню, стоящую над папертью. Высота колокольни - 6 сажен 1 аршин (13,5 м). Церковь, согласно страховой оценке 1910 года, стояла на булыжном фундаменте, стены снаружи и внутри были обшиты тёсом и крыты железом. Длина храма с колокольней составляла 10 сажен 2 аршина (22,7 м), наибольшая ширина - 6 сажен (12,8 м), высота до карниза - 3 сажени (6,4 м). На ней стояла 1 большая глава и 1 малая. Больших окон в стенах было 12, а на световом барабане - 8 малых.
В "пещерке" близ Богоявленского храма был погребён пустынник прп. Никодим Кожеезерский (Хозьюгский), поселившийся в 10 верстах по водному пути на запад от монастыря в 1604 году. Желание безмолвия привело его на речку Хозьюгу (ныне - Никодимка). Там, при впадении её в реку Подломку, он поставил себе в лесной чаще небольшую келию и прожил в ней безвыходно 36 лет. Сейчас на этом месте стоит поклонный крест. За несколько месяцев перед смертью преподобный оставил свою одинокую Хозьюгскую келью и поселился в Кожеезерском монастыре, где и скончался 3 июля 1640 года. В 1662 году Никодим Кожеезерский был причислен к лику святых, а в 1695 году его мощи были обретены нетленными.
Закрыт храм не позже 1920-х годов. В одно время в Богоявленском храме держали скот, позже он был разрушен. На сегодняшний день Богоявленская церковь до сих пор в монастыре не воссоздана.
Воронов Юрий Викторович
