Начало Кожеозерскому общежитию было положено Нифонтом и Серапионом в 1565 году. Через некоторое время на Кожозеро пришли старец Ануфрий и священноиноки Евстратий и Игнатий. Постепенно братия умножалась. Видя это священноинок Нифонт поручил собравшихся пустынножителей Серапиону, а сам отправился пешком в Москву для сбора пожертвований и испрошения разрешения на устройство монастыря. Достигнув столицы он скончался и был похоронен в одной из московских обителей.
В 1584 году царь Фёдор Иоаннович грамотой от 30 сентября 1584 года пожаловал в пользу вновь устраиваемой обители Лопский полуостров и земли вокруг Кожозера, а митрополит Новгородский Дионисий дал благословенную грамоту на устройство обители. В 1581 году начато строительство деревянного храма, который был построен в 1588 году.
В 1589 году патриарх Иов назначил Серапиона строителем основанной им обители, а инока Авраамия посвятил в сан иеромонаха и благословил его освятить воздвигнутый храм. В 1589 году первый деревянный храм был освящён в честь Богоявления Господня. В 1590-1591 гг. был построен второй храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, а в 1594 году третий тёплый храм во имя Николая Чудотворца. Первым игуменом обители стал иеромонах Авраамий. Число братии достигало 40 человек, из них особенно выделялись Леонид Усть-Недумский, бывший 3 года келарем и Никодим, пустынножитель Хозьюгский. Никодим, наравне с Нифонтом и Серапионом, считается основателем и небесным покровителем Кожеозерского монастыря.
8 июня 1634 года все монастырские постройки сгорели. 26 августа того же года Новгородский митрополит Киприан дал разрешение на постройку новых храмов. В 1644 году было закончено строительство двух новых храмов, Богоявления Господня и Благовещения Пресвятой Богородицы. В 1650 году построена монастырская ограда. Соборная церковь Богоявления Господня была на каменном фундаменте, с пятью маковицами, крытая чешуёю. Кресты на ней были обиты белым железом; подзоры с летописными словами; окна были большие и малые, в них оконницы слюдяные с белым железом. В это время, с 1643 по 1646 год, игуменом монастыря был будущий патриарх Никон. При Никоне число братии достигло 100 человек.
В 1692 году сгорели обе монастырские церкви, построенные при Никоне. В этом же году Новгородским митрополитом Корнилием была дана благословенная грамота на постройку двух новых храмов: холодного в честь Богоявления Господня с приделом во имя Николая Чудотворца и тёплого Благовещения Пресвятой Богородицы с трапезой. В 1695-1698 годах новые храмы были построены.
Около 1710 года на деньги, пожертвованные Новгородским митрополитом Иовом, построена новая деревянная ограда монастыря.
В 1714 году была построена и освящена надвратная деревянная церковь Илии Пророка. В монастыре было 13 братских келий с больницей, поварней и хлебною, ещё одна келья была при Ильинской церкви, устроенная на средства митрополита Иова.
В 1730 году монастырь полностью сгорел. В 1732 году вместо двух сгоревших церквей на месте тёплой Никольской церкви, над гробом преподобного Никодима, была построена одна двухэтажная церковь, освящённая по благословению Новгородского архиепископа Феофана (Прокоповича). В 1752 г. строится часовня над могилой Cepaпионa и Авраамия.
По описи 1767 года в Кожеозерском монастыре была одна церковь, двоежирная (двухэтажная), деревянная. Верхний храм Благовещения Пресвятой Богородицы, нижний во имя Николая Чудотворца. Около монастыря ограда деревянная, над святыми воротами колокольня деревянная, на ней семь колоколов, больших и малых, в ней часы бойчатые, железные, ветхие.
В 1758 году, Кожеозерский монастырь, за бедностью, был приписан к Спасо-Каргопольскому монастырю, а в 1764 г. монастырь был окончательно упразднён и стал сельским приходом, который из-за недостаточности средств для содержания собственного причта был приписан к Прилуцкому приходу. Священники этого прихода приходили для совершения литургии только два раза в год в престольные праздники, 6 января в праздник Богоявления Господня и 3 июля, в день памяти кончины Преподобного Никодима. Летом 1850 года в приходе сгорела единственная ветхая церковь, а 25 января 1851 г. сгорела часовня над могилой Cepaпионa и Авраамия.
В мае 1851 г., по указу Священного Cинода, монастырь был возобновлён. Сначала он был приписан к Николаевскому Корельскому монастырю, а по Высочайшему указу от 30 мая 1853 г. сделан самостоятельным, с причислением ко II классу. Для восстановления монастыря был назначен иеромонах Митрофан (Правоторов). На возобновление обители, епископ Архангельский Варлаам, благословил его иконой Успения Божией Матери, сказав, что в монастыре будет построен каменный храм. На нужды Кожеозерской обители известный московский благотворитель Павел Матвеевич Александров пожертвовал 10000 рублей, а позднее завещал ещё 40000 рублей.
Игуменом монастыря стал брат Митрофана, Пармен, который управлял обителью до 1861 года. При нём в 1855 году была построена и освящена деревянная трёхпрестольная церковь Богоявления Господня, в которой была устроена рака над мощами Никодима Кожеозерского. Над папертью храма была надстроена колокольня на которой было 8 колоколов. Тогда же над гробницей Серапиона и Авраамия была устроена деревянная часовня для чтения псалтыри. В монастыре построили все необходимые хозяйственные постройки. С 1861 года настоятелем становится "попечитель обители" иеромонах Митрофан.
В 1864 году началось строительство пятиглавой каменной холодной церкви в честь Успения Богородицы с двумя приделами, первый Зосимы и Савватия, второй Никодима, кожеозерского чудотворца. Храм был построен в 1883 г. Освящён в 1884 г. В этот же период строится каменная тёплая трапезная, соединённая с Успенским храмом переходом. В трапезной был устроен тёплый храм, он был освящён во имя Преображения Господня.
Игумен Митрофан был уволен на покой 25 января 1867 года. С 1867 по 1885 годы в обители сменилось 11 игуменов. Следствием этого стал упадок монашеской жизни. В ночь на 26 сентября 1884 года, проживающие в монастыре Георгий Рядцин и Николай Щипунов ограбили и подожгли Богоявленскую церковь. 25 ноября 1885 года игуменом монастыря назначен соловецкий наместник, иеромонах Питирим. Новую тёплую деревянную Богоявленскую церковь начали строить в 1887 году. В августе 1888 года она была построена, а 15 января 1889 года освящена.
Во многих описаниях монастыря указано, что в 1885 г. из часовни над гробницей Cepaпионa и Авраамия была устроена каменная церковь во имя Иоанна Предтечи. Однако в Епархиальных Ведомостях за 1897 год, есть сообщение из Кожеозерского монастыря о грозе случившейся 11 августа. Там интересное описание монастыря и его храмов: "…Удар, последовавший в 10 час. 40 мин. вечера, не прошел даром, — молния ударила в колокольню при деревянном Богоявленском храме в фонарь ниже креста с северной стороны и, пробивши обшивку, вышла с южной стороны, образовав опаленные кругом отверстия, каждое в диаметре около двух вершков, затем прошла к колоколам, и ниже перил оторвав две доски обшивки, и далее по проволоке, протянутой на колокольню из Предтеченской деревянной церкви для отбоя часов во время неусыпного чтения псалтири, прошла в Предтеченский храм, где в мелкие дребезги разбила стекла в киоте образа Тихвинской Божией Матери, выбивши и деревянные переплеты киота, но образа Богоматери и висевшей пред оным лампады нисколько не повредила, хотя киот с левой стороны образа — ниже к полу — молнией поврежден и расколот. Достойно удивления, что при таком ударе молнии монастырские храмы Предтеченский и Богоявленский — оба деревянные, выкрашенные масляною краскою, не загорелись и остались совершенно невредимыми. Усматривая в сохранении храмов милость Божию, явленную по молитвам Царицы Небесной и преподобного Никодима Кожеозерского Чудотворца, мощи коего почивают въ Богоявленском храме, настоятелем монастыря соборно был отслужен 12-го августа благодарственный молебен пред образом Тихвинской Божией Матери с акафистом, о избавлении Кожеозерской обители от явной опасности, так как если бы загорелись церкви, то и другим зданиям монастыря; которые все деревянные, не избежать бы огня, и монастырь весь бы был уничтожен пожаром. Кожеозерского монастыря настоятель, архимандрит Питирим".
Из описания следует, что церковь Иоанна Предтечи стояла рядом с деревянной теплой церковью в честь Богоявления Господня. В это время она ещё была деревянной и могла быть заменена каменной между 1898 и 1909 годами. В 1894 году монастырём изыскивались средства для устройства церквей на братском кладбище и в Никодимовой пустыни. Надвратная церковь Тихвинской иконы Божией Матери, скорее всего, тоже была построена между 1898 и 1909 годами. Главным из всех дел игумена Питирима было устройство проезжей дороги к обители от онежского почтового тракта, из деревни Корельской.
Источники: О православных монастырях, том I, Зверинский В.В., С.-Петербург, 1890. Судьбы Кожеозерской Богоявленской пустыни, Кононов А., С.-Петербург, 1894. Описание монастырей Архангельской Епархии, Шашков А., Архангельск, 1902. Православные монастыри Российской империи, Денисов Л.И., Москва, 1908. Православные русские обители, Сойкин П.П., С.-Петербург, 1910. Архангельские Епархиальные Ведомости.
Воронов Юрий Викторович
