В 1670 — начале 1680-х годов в непосредственной близости от Холмогор возводятся два совсем не похожие друг на друга храма: собор Спасского Ново-Прилуцкого монастыря «с Козьего ручья» и приходской храм Бориса и Глеба в селении Нижние Матигоры. Ново-Прилуцкий общежительный мужской монастырь располагался на правом высоком берегу Северной Двины «в 57 верстах выше Архангельска», был основан в 1617 г. иноком Александро-Свирского монастыря Иосафом. В середине XVIII в. обитель приписали к архиерейскому дому и одновременно сделали летней резиденцией архиепископа. В 1764 г. монастырь был упразднен, а Спасский собор превращен в приходскую церковь.
Судя по началу каменного строительства и другим косвенным данным, вторая половина XVII в. стала для монастыря временем расцвета. Обитель, по всей видимости, в этот период была популярна в Москве: в монастырском Синодике среди вкладчиков упоминаются «род с Москвы государева иконописца Федора Евтихиева», с Холмогор иконописца Василия Спиридонова, иконописца Андрея Дуная, а также окольничий Иван Богданович Милославский, пожертвовавший в 1668 г. в монастырь напрестольный «серебряный под золотом» крест-мощевик. Ни одно из зданий обители не дошло до нашего времени, но в 1981 г. на территории монастыря были проведены выборочные архитектурно-археологические исследования. По их результатам и по данным церковной «Метрики» 1887 г. можно составить представление об архитектурных особенностях Спасского собора.
Собор построен в 1670-1674 гг. «тщанием монашествующих при строителе Тихоне». Это четырехстолпный, трехапсидный кирпичный храм на белокаменном фундаменте с размерами четверика без апсид 21х19 м, Первоначально он был пятиглавым, но четыре боковые главы в середине XVIII в. разобрали для стройства нового Тихвинского придела с севера, Также как северный придел, восточный притвор являлся поздней пристройкой. Дореволюционные ученые и составитель церковной «Метрики» отмечали наличие придела внутри собора: в предшествовавшем деревянном храме это был придел Александра Свирского, а в каменном — мученика Христофора, но его точное местонахождение нигде не указывается. О сводах храма в «Метрике» сказано: «коробовые, полукруглые, опираются на четыре столба». В храм вели три входа, алтарь отделялся двумя квадратными восточными столбами, западные столбы были восьмигранными. В толще северной стены на чердак вела каменная лестница. Судя по результатам археологических раскопок, стены делились тонкими лопатками на три прясла, восточные углы четверика отмечались строенными колонками, они же разделяли между собой апсиды. Расчищенная нижняя часть западной стены сохранила сложную профилировку, а западный перспективный портал — несколько деталей, свидетельствующих о хорошем качестве декорации из фигурного кирпича.
Археологи отмечают высокую строительную культуру мастеров, работавших на строительстве этого храма. Присутствие в интерьере собора двух западных восьмигранных или круглых столбов в сочетании с квадратными восточными — прием редкий и необычный для XVII в. Вспомнив о вкладах в соборную ризницу И. Б. Милославского, рискнем предположить в нем одного из заказчиков храма. Тем более, семья Милославских участвовала в сооружении собора Болховского Оптина монастыря, в котором, помимо сочетания крещатых и круглых столбов, есть еще элемент, сближающий его с далеким северным собором, — строенные фасадные колонки, также редко использовавшиеся в монастырских четырехстолпных храмах. По имеющимся скудным данным аналогии этому памятнику скорее обнаруживаются в Москве и в связанных с московским заказом постройках, а не в вологодской архитектуре, как в предыдущем соборе
М.В. Вдовиченко. Архитектура северных соборов XVII в. Сборник "Памятники русской архитектуры и монументального искусства XVI - XX вв.". Выпуск 7. - М., 2005. С. 32-33.