Первоначально Успенская церковь была основана в начале XV в. иноками Дионисиево-Глушицкого монастыря. В XV в., во время свирепствовавшей в Вологодской земле моровой язвы, церковь осталась в запустении. Была восстановлена, но вновь разорена во время набега литовцев, о чём в писцовых книгах Фёдора Воронцова, описывавших Заозерскую половину Вологодского уезда в 1628-1630 г.г., сказано: «Волость Семигородская, а в ней погост Успенский, а в нем церковь во имя Успения Пречистыя Богородицы древяна клецки, стоит пуста, без пения от Литовскаго разорения» (цит. по: ИАК. - Петроград, 1915. - Вып. 59. - С. 189-190).

В связи со строительством церковь на некоторое время была освобождена от взимания дани, о чём гласит запись в окладной книге 1633 г.: "Церковь Пречистая Богородица на Семи горах (Семигородная), служит поп Герасим, дани платит по книгам 8 алт. 2 денги, соборную гривну, дворенкого [так в тексте] алтын. И тое дани на нынешной на 141 год государь архиепископ пожаловал, для церковного строения, имати не велел.". В 1691 г. дань составила 8 рублей: "Монастырь Семигордцкая пустыня; в ней храм Успения Богородицы; оброку 6 рублей да тоеж пустыни с деревни Малахова 2 рубля, всего 8 рублей" (цит. по: Суворов Н. Несколько статистических...).

Со времени основания пустыни до 1753 г. все строения в ней были деревянные. Каменный Успенский собор, построенный в 1763 (1753?) г., был перестроен после пожара 1809 г. и окончательно устроен в 1864 г. Храм во имя свт. Николая Чудотворца был вновь освящён после ремонта 24 июня 1865 года настоятелем пустыни архимандритом Нектарием. В нижнем соборном храме левый придел во имя блаж. Николая Новгородского чудотворца и св. мц. царицы Александры был освящён 11 августа 1868 г. настоятелем монастыря архимандритом Нектарием соборне.

Престолы в честь: Успения Пресвятой Богородицы - главный, свт. Николая Мирликийского, Рождества Пресвятой Богородицы, Крестителя Господня Иоанна Предтечи, благоверного князя Александра Невского и равноапостольной Марии Магдалины, Христа ради юродивого Николая Новгородского и мц. царицы Александры.

В пустыни хранилось много древних и достопримечательных икон. Иконы Успения Богоматери и св. Иоанна Предтечи были написаны, по преданию, преп. Дионисием Глушицким и почитались чудотворными.

По материалам: http://parishes.mrezha.ru/monastery_history.php?id=10006