Деревня расположена на берегу реки Тобол, носившем название Долгий яр. Эта местность упоминается при описании похода Ермака в 1581 г. в книге историка Г.Ф. Миллера "История Сибири". Деревня Худякова с девятью дворам упоминается в переписной книге 1710 года. Вероятно, в это время она входила в приход погоста Долгоярского, в котором в то время было 14 дворов. Статус села Худяково приобрело не позднее 1779 года, так как в это время здесь уже существовал деревянный храм неизвестного посвящения. В 1802 году, вместо деревянного, был построен каменный двухэтажный храм. Нижний, тёплый придел, был освящен в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а верхний, холодный, - в честь Пресвятой Троицы. По штату в причте были положены священник, диакон и два псаломщика.
28-29 ноября 1891 года, по пути в Тюмень, в селе останавливался и служил епископ Тобольский Иустин (Полянский). Впечатления его были опубликованы в Тобольских епархиальных ведомостях: "Теплая церковь в нижнем этаже, небольшая по пространству, но довольно опрятная и чистая, во имя Введения во храм Пресвятой Богородицы. Все в ней, начиная с богослужения, - благообразно и по чину. И причт церковный - все исправны и способны. Прихожане набожны. Замечательна в этой церкви икона Нерукотворенного Спаса, в изящной серебрянной позолоченной ризе и приличном киоте, за стеклом, с предстоящими по бокам, - с правой стороны, - преподобным Сергием Радонежским, а с левой - Иоанном Воином. Убрус, на котором изображен Лик Спасителя, держат Ангелы. Икона в аршин или более величины, и усердно чтится прихожанами. Местное предание гласит, что икона сия сделана из большой хоругви, или знамени покорителя Сибири Ермака Тимофеевича. - Знамя сие, по преданию, стояло в той самой часовне, которая до сих пор, конечно, уже не раз, может быть, переделанная, стоит при большой дороге, верстах в трех от с. Долгоярского. Хоругвь была написана на шелковой материи, с обеих сторон Вероятно, какой-нибудь боголюбец, заметив, что хоругвь-знамя стало ветшать, позаботился соорудить из него икону; а другой боголюбец сделал потом на икону сию ризу".
С 1864 года в приходе действовала Министерская школа Государственных имуществ в деревне Качиповой. В 1898 году в деревне Кутарбитке Долгоярского прихода была открыта школа грамоты (в 1899 году переведена в село). Не позднее 1901 года было организовано приходское попечительство.
На начало 1910-х годов в приходе числились деревни: Спасская, Ушакова, Дегтеухова, Темная, Мартяшева, Глазково-Лягушина, Глазково-Качипова, Паншина, Блинникова, Кутарбитка, Турба, Нееловка, Бишура, Тахтаир. Вероятно, храм был закрыт в мае 1937 года, после ареста настоятеля о. Короната Булатникова. На 2010 г. в селе проживало 100 человек.