Старинное село Глотово находилось на возвышенном месте левобережья Селекши (Клязьминский бассейн), на территории Юрьево Ополья. Со второй половины XIX века до революционных событий ХХ века Глотово входило в состав Симской волости Юрьевского уезда и находилась в 17 верстах от уездного города Юрьев-Польский.
В книгах патриаршего казённого приказа XVII столетия Глотово значится государевым дворцовым имением. Уже тогда в селе стояла деревянная церковь. Так, под 1628 годом было отмечено: «церковь Николы чюдотворца в государеве в дворцовом селе Глотове дани восемь алтын четыре денги десятильнича гривна».
В 1766 году в селе была построена новая деревянная однопрестольная церковь с тем же посвящением. В храме хранились печатное Евангелие 1657 года и парусинный антиминс, освященный в 1766 году епископом Суздальским и Юрьевским Геннадием. У входа в храм стояла невысокая звонница на четырёх столбах под четырёхскатной крышей, которая была разобрана в 1892 году.
Никольская церковь в селе Глотово с 1827 года была приписана к Федоровскому приходу, Троицкий храм которого отстоял от Глотово в 2,5 версты. В 1892 году с постройкой в селе каменной церкви, престол из деревянной церкви был перенесён в новую церковь. С тех пор деревянная церковь становится фактически часовней. За время своего существования, Никольская церковь не претерпела больших изменений, разве что лемех главки был заменён жестяным покрытием.
Никольская церковь — редчайший для среднерусской полосы памятник деревянного зодчества и прекрасный образец древнейшего типа клетских храмов, наиболее близких русской избе. Храм стоит на высоком подклете и с трёх сторон окружён открытой висячей галереей с одновсходным крыльцом, расположенным по главной продольной оси. К основному высокому четверику примыкает с запада пониженный сруб трапезной, а с востока — пятистенный алтарь, рубленный в лапу. Крутые остроконечные тёсовые кровли с крытой городковым лемехом главкой, стоящей на постаменте, делают маленькую, простую постройку на редкость стройной и монументальной.
Троицкий храм в главном селе прихода Фёдоровское, а, следовательно, и весь приход этого храма, был закрыт не позже 1930-х годов. Никольская церковь в Глотове в советский период не использовалась и стояла "без пения", медленно разрушаясь, пока в 1960 году по инициативе выдающегося суздальского историка-искусствоведа и музейного работника Алексея Дмитриевича Варганова не была перевезена в Суздаль. Храм отреставрирован суздальским реставрационным участком Владимирской реставрационной мастерской. Постройка положила началу создания в Суздале музея деревянного зодчества Владимирской области. Выразительный силуэт Глотовской церкви органически вписался в ансамбль кремля и самого города Суздаля.