После разрушения первой церкви под действием подпочвенной воды и временное перемещения во церкви в простую саклю из сырцового кирпича при уездном управлении. В сакле церковь помещалась сравнительно очень долго – до 1877 года, когда она была разрушена за ненадобностью, так как 12 сентября того же 1877 года был освящён новый храм, который возвышается теперь над Ходжентом.
Постройка нынешнего храма началась с 1873 года, заготовление же материала было предпринято почти с начала 1872 года, когда был образован комитет по постройке церкви под представительством уездного начальника. Можно думать, что забота а постройке постоянного храма, помимо священника, принадлежала и уездному начальнику, который в то время был полковник барон Нольде. Последний ходатайствовал пред начальством об отпуске средств, каковое ходатайство и было уважено, большая часть суммы была отпущена из казны Туркестанским генерал-губернатором К. П. фон Кауфманом, были собраны также добровольные пожертвования, и Туркестанской духовной консистории была отпущена сумма на окончание постройки храма.
Выстроенной в виде креста по проекту проф. архитектуры Штрома, храм вышел очень хорошим, светел, просторен и удовлетворяет требованиям акустики, стоит он в нескольких саженях от реки Сырдарья, обнесён приличную ограду. Построен из жжёного кирпича с каркасным куполом, весь покрыт железом, окрашенным зеленую краской, внутри и снаружи оштукатурен и выбелен. Длина его 11 ½ сажень, ширина 8 сажень, высота 12 сажен, вход один Западной стороны. Колокольни нет, а она устроена при входе под папертью. Утварью снабжена достаточно. Иконостас прост, но иконы в нём работы мастерской Академии Художеств и очень хороший престол один, во имя Равноапостольной Марии Магдалины, освящён 12 сентября 1877 года священниками А. Рышкиным, В. Невоструевым И. Бенедиктовым. Притч состоит при управлении Ходжентского воинского начальника.
При всём своём благоустройстве, Ходжентский храм имел недостаток - не было помещения для разницы, библиотеки, архива и пономарии. Этот недостаток был чувствителен для всех Ходжентских священников, но они не возбуждали почему-то ходатайств об устранении и этого недостатка; только последний из всех вошёл в ходатайством поэтому вопросу пред военным губернатором Самаркандской области, который уважил это ходатайство и спросил архипастырское благословение на возведение, по выработанному строительным отделением проекта, этих построек. Но работы по возведению пристройки за неотпуском в том году средств, не были начаты и только весной настоящего 1900 года было преступлено к работам, которые будут окончены, по всей вероятности к осени. Таким образом и этот недостаток Ходжентского храма, благодаря заботам и вниманию г. военного губернатора Самаркандской области, будет устранён.
С момента взятия Ходжента при Ходжентской Мариинской церкви были священниками: о. Победоносцев с 14 июня 1866 года до 1876 года, о. Кречетов с января 1876 года по апрель 1876 года, о. Покровский с апреля 1876 года до 1877 года, о. Бенедиктов с 1877 года по май 1879 года, о. Комаревский (Ура-тюбинский священник, заведующий в то время Ходжентской церковью) с мая 1879 года по 1880 год, о. протоиерей Путинцев с января 1880 года по август 1880 года, о. Сперанский с августа 1880 года до 1886 года, о. Платонов с 1886 года до июня 1888 года, о. Нарциссов с 1 июня 1888 года по настоящее время.
Газета «Туркестанские ведомости» за 1900 г.
