В 1882 году, с целью распространения Православной веры в Туркестанском крае и духовного просвещения азиатских кочевников, св. Синод предложил Православному Миссионерскому Обществу рассмотреть дело об открытии в районе озера Иссык-Куль православной миссии. Получив от св. Синода благословение на учреждение монастыря, а от Миссионерского Общества значительную сумму на предварительные расходы, преосвященный Александр, не теряя времени, тогда же, в первых числах мая 1882 года, отправился на Иссык-Куль в местность, называемую Курменты. Жители села Преображенского (ныне село Тюп) указали ему самое лучшее место для монастыря. Оно было, во-первых, вблизи озера, затем заливы, входившие в участок этой земли, особенно обильны были рыбой, а самое главное - пахотная земля не нуждалась в искусственном орошении. Преосвященный лично верхом объехал урочище и тщательно осмотрел все места, удобные для устройства обители. Целую неделю он постился, в твердом уповании, что Господь поможет ему в нелегких трудах. И вот, озаренный свыше, он избрал место для храма и монастыря на северо-восточном берегу озера.
1 мая 1882 года, в день св. Царя Константина и матери его Елены, преосвященный Александр приступил к освящению избранного места. При громадном стечении народа, после молебствия, архипастырь благоговейно окропил святой водой избранную местность и водрузил деревянный крест на том месте, где предположено быть храму во имя Живоначальной Троицы. Так, по милости Божией, положено было основание Свято-Троицкому миссионерскому монастырю в Туркестанском крае, на берегах величественного Иссык-Кульского озера, там, где в древности был христианский монастырь с мощами апостола и евангелиста Матфея.
Итак, первые насельники православного монастыря XIX века приложили немало трудов для устроения монашеской жизни, возведения монастырских стен и зданий и укрепления хозяйства. Но далекий от миссионерских центров и духовных оазисов России Иссык-Кульский монастырь не мог выполнять своих основных миссионерских функций. Для успеха нужны были умные сеятели - образованные монахи, но таких в Туркестане не было. Радостное умножение братии последовало в 1886 году, когда в монастырь приехали одиннадцать иноков из Свято-Михайловской Закубанской пустыни. 11 января 1887 года в обители была освящена Свято-Троицкая церковь, а 13 марта того же года Государь Император Высочайше соизволил укрепление за монастырем обширного участка земли с тремя заливами - Долгим, Узким и Песочным с прилегающим к последнему заливу озерком Садко с отведением места под мельницу на восточной стороне реки Курмектинки. Но в этом же году Господь скорбью испытал своих рабов. 30 июня их постигло страшное бедствие - землетрясение. Только Иссык-Кульская братия, по милости Божией, осталась цела и невредима. Но всего удивительнее, что по причине того, что стены рухнувшего монастырского корпуса упали не внутрь помещения, а наружу, церковная утварь, престол и жертвенник, образа, сосуды остались неповрежденными. И вновь монастырская братия, поставив для своего временного проживания киргизские юрты, стала возводить стены и здания разрушенного монастыря. Посетивший Иссык-Кульский монастырь летом следующего года Преосвященный Туркестанской епархии епископ Неофит (Неводчиков) не только воодушевлял братию своим архипастырским словом и практическими указаниями, но и помогал восстанавливать монастырь своим трудом. Летом 1894 года на берега величественного Иссык-Кульского озера прибыли с не менее грандиозного озера, с острова Валаама, восемь иноков во главе с игуменом Севастианом, внося с собой дух Валаамской обители.
В 1895 году были восстановлены и освящены братский корпус и малый храм, в том же году был заложен, а в 1897 году уже освящен новый обширный на 400 человек храм во имя Живоначальной Троицы (архитектор С.Г. Тропаревский), срубленный из брусьев, на каменном фундаменте, с колокольней, куполами и пятью главами наверху. В 1894 - 95 годах на средства Православного Миссионерского общества построены дом для общежития, дом для трапезы и службы, рабочий дом и амбар. На средства монастыря сделан погреб для льда, мельница, скотный двор, дом на пасеке, кузница, лесопилка, дом для плотничьей мастерской, дом, в котором разместились братские мастерские - портных и сапожников, баня, на ближней пасеке дом из брусьев в 2 этажа, построен дом на дальней пасеке, окончен постройкою гостиный дом.
Из местночтимых Святынь в монастыре имелся присланный всероссийским молитвенником Святым праведным протоиереем Иоанном Кронштадтским им самим освященный образ Феодоровской Божией Матери со следующей надписью: "В Семиреченскую область в Святотроицкий монастырь в благословение жертвую сию икону. Протоиерей Иоанн Сергиев из Кронштадта 4 января 1896 года". Также в монастыре находилась чудотворная Тихвинская икона Божией Матери, и особенно большое стечение богомольцев (до 5.000 человек) в монастырь стекалось 26 июня - в день празднования этой иконы.
В 1905 году в монастырь были приглашены из прославленной старцами Рождество-Богородицкой Глинской пустыни Курской епархии иеромонах Порфирий, возведенный Туркестанским Преосвященным в сан игумена и назначенный наместником монастыря, и несколько послушников, в числе которых были будущие иеромонахи Феогност (Пивоваров), Серафим (Богословский) и Анатолий (Смирнов). Двое последних недолго оставались в монастыре, и были призваны преосвященнейшим Димитрием (Абашидзе), епископом Туркестанским и Ташкентским в кафедральный город Верный, где приняли священный сан и подвизались в горных ущельях близ города. Туда же в 1916 году, уже после разорения Иссык-Кульского монастыря восставшими киргизами, пришел иеромонах Феогност. В то же время в монастыре подвизались монах (впоследствии иеромонах) Пахомий (Русин) и монах Ириней (Мотях), впоследствии принявший схиму с именем Ираклий.
Площадь монастыря была обнесена кирпичной оградой на каменном фундаменте, покрытой железом, повсюду множество зелени, фруктов, строевых деревьев и кустарников. К главному братскому корпусу примыкал большой сад за которым был расположен огород и службы: кузнечная и столярные мастерские, баня, скотный двор, конюшни, сеновалы и т. д. При главных монастырских воротах имелась небольшая странноприимница, где в течении года выдавалось до 5.000 бесплатных обедов богомольцам и вообще приезжающим людям. Но неожиданно возникшие в августе 1916 года беспорядки, причиной которых послужила насильственная мобилизация инородцев на тыловые работы, охватили весь Пржевальский уезд и вновь в корне нарушили правильную жизнь и работу монастыря.
История монастыря прерывается в 1916 году во время трагических событий и возобновилась в 2001 году. В этом году в детский дом приезжает Архимандрит Наум Троицко-Сергиевой Лавры. Из его рассказов Дегенбаева Гульнара Орозбаевна узнает об истории Свято-Троицкого мужского монастыря. За более подробной информацией директор детского дома Дегенбаева Г.О. едет в Москву и знакомится со Схиархимандритом Илием и получает благословение на восстановление Храма Свято-Троицкого монастыря. В 2012 году детский дом посещает Владыко Среднеазиатский Викентий с целью передать ценные архивы о монастыре. В 2013 году в августе с визитом прибыл Епископ Бишкексий и Кыргызстанский, для освящения еще не восстановленной часовни монастыря. С этого момента уже в освященном храме проходят регулярные службы, в которых принимают участие Владыка и священники Бишкекской Епархии.
По благословению Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Кирилла, по благословению Владыки Ташкентского и Среднеазиатского Викентия, по благословению Епископа Бишкекского и Кыргызстанского Феодосия, по благословению предыдущего Владыки Ташкентского и Среднеазиатского Владимира, по благословению Схиархимандрита Илий, по благословению одного из духовников Свято - Троицкой Сергиева Лавра, архимандрита Наума, начались реставрационно-восстановительные работы по монастырским зданиям, Иссык-Кульского Свято-Троицкого мужского монастыря.
25 апреля 2013 года отреставрирован малый монастырский храм пожертвованиями делателей Жатвы Господа Меламуд Александра Романовича, Радченко Игоря Владимировича, Васильевой Ирины Геннадиевны.
http://www.kyrgyzstantravel.net/articles/monastery.htm
