Начало возрождению обители было положено в 2003 году участниками череповецкого историко-туристического клуба. Ими был вынесен из храма битый кирпич, стерты надписи со стен. Рядом с полуразрушенным храмом был установлен щит с надписью «Богородице – Рождественская Иродионова пустынь». Сюда стали регулярно приезжать паломники и трудники из города Белозерска.
В 2013 году на полуострове была построена деревянная церковь в честь преподобного Иродиона Илоезерского. В этом храме 11 октября 2015 года была совершена первая после 80-летнего отсутствия в приходе богослужений Божественная литургия. 9 октября 2016 года был освящен деревянный храм в честь святого Иродиона.
В 2017 году, по благословению епископа Череповецкого и Белозерского Флавиана, в пустыни поселились монахи и трудники, которые и занялись ее возрождением. В 2018 году указом правящего архиерея здесь было образовано архиерейское подворье, настоятелем которого назначен иеромонах Феодосий (Белов). В храме преподобного Иродиона стали регулярно совершаться богослужения.
Строительные и реставрационные работы возглавил руководитель Архитектурно-строительной комиссии Череповецкой епархии Н.Ф. Сычев. Купол храма покрыли железом. На территории монастыря построили келейный корпус. В ноябре 2022 года на восстанавливаемый храм Рождества Пресвятой Богородицы был установлен новый купол с крестом. 22 июня 2023 года на колокольню Богородице-Рождественского храма был установлен новый купол с крестом.
В настоящее время в пустыни возрождается монашеская жизнь, совершаются регулярные богослужения, ведутся работы по восстановлению старинного Богородице-Рождественского храма.
Источник: Сайт Комиссии по канонизации подвижников благочестия Череповецкой епархии, https://kanonizacia.cerkov.ru/irodiono-iloezerskaya-bogorodicerozhdestvenskaya-pustyn/?ysclid=m23b64lt47959766939
