Братский острог был основан в 1631 году русскими первопроходцами во главе с казачьим пятидесятником Максимом Перфильевым на правом берегу реки Ангары чуть ниже Падунского порога (ныне на месте порога створ Братской ГЭС). Острог несколько раз переносился с места на место, пока не был окончательно поставлен весной 1654 года отрядом казаков под командой Дмитрия Фирсова на левом берегу Оки в 2 верстах выше её впадения в Ангару.
Братский острог являлся первым по времени из числа построенных на бурятских землях. Он имел громадное значение как сторожевой пост, прикрывавший путь с Енисея на Лену и как опорный пункт для сбора ясака с бурят. Вскоре Братский острог становится удобным пунктом для снаряжения экспедиций за Байкал.
Первую церковь в Братском остроге построили в 1631 году (по другим данным — в 1649 г.). При последующих переносах острога на новые места, вероятно, переносили и церковь.
В 1675 году русский дипломат Николай Гаврилович Спафарий, проездом в Китай остановившись в Братском остроге, записал: «в остроге церковь во имя Пресвятой Богородицы Владимирской». На чертеже Братского острога 1701 года Семёна Ульяновича Ремезова отчётливо читаются формы довольно крупной деревянной церкви, занимающей почти всё внутреннее пространство острога. В 1707 году храм сменяет другая двухпрестольная церковь в честь Владимирской иконы Божией Матери с тёплым приделом Богоявления Господня. Длина новой церкви составляла 9 саженей (19,2 м); ширина 6 саженей 1 аршин (13,5 м).
В течение всего XVII века Братский острог был приписан к Енисейскому острогу. С утратой военного значения в XVIII веке острог превратился в село Братско-Острожное.
К началу XIX века Владимирская церковь значительно обветшала, поэтому в нескольких метрах южнее её в 1843 году на средства прихожан строится новая деревянная церковь, проект которой был разработан в Петербурге по просьбе декабриста Петра Александровича Муханова, отбывавшего в 1833-1842 годах ссылку в Братске. В памяти сельчан сохранилось имя строителя нового храма — им был плотник М.С. Карпов. Новый храм, так же как и старый, был с двумя престолами: зимним во имя Богоявления Господня (освящен в 1843 г.) и летним во имя Владимирской иконы Божией Матери (освящен в 1844 г.). Старинный иконостас с иконами, освященными ещё первым иркутским епископом святителем Иннокентием Кульчицким, по утверждению жителей села, был перенесён из Кафедрального Богоявленского собора г. Иркутска в новый храм села Братско-Острожное.
Большая деревянная пятиглавая церковь с ротондой под центральным куполом была построена в стиле ампир в формах присущих каменной архитектуре. Строгие пилястровые портики по четырем сторонам храма подчеркивали монументальность и торжественность постройки. Имитация каменных форм была столь тщательной, что даже были воспроизведены сложно выполнимые в дереве цилиндрические формы барабанов. В плане квадратный храм дополнялся прямоугольными прирубами притвора и алтаря под двускатными кровлями с фронтонами. Рубленные из брёвен стены были обшиты тёсом. Обшивка стен выполнена по тонким вертикальным доскам, врезанным в брёвна, как раньше называли «рубка взакрой», то есть сразу под обшивку, которая окрашивалась с выделением деталей белым цветом. Декор фасадов был очень строг и лаконичен, основной орнаментальный мотив — дощатые накладки по фризу портиков и ротонды, имитирующие триглифы. Богоявленская церковь в селе Братско-Острожное стала редким примером грамотного применения стиля ампир в культовом деревянном зодчестве России первой половины XIX века, поэтому храм имел большую архитектурно-историческую ценность.
Однако следует отметить, что постройка деревянной церкви по проекту каменного храма в далёком таёжном селе лишний раз подчёркивает, что в первой половине XIX века в Российском обществе начался процесс деградации традиционного народного деревянного зодчества и появление моды на имитацию облика каменных церквей. Эти преобразования, именовавшиеся на языке духовенства «благолепным обновлением», уничтожали вековые народные традиции и сам дух древнерусского зодчества. Это привело к массовой обшивке древних храмов досками, превращение их в безликие крашеные деревянные ящики сверху обитые жестью, а плотницкое искусство - в простое строительство из дерева.
Отдельно от церкви, над проезжими воротами острога, возвышалась массивная ярусная колокольня высотой около 17 метров. Предполагается, что колокольня была возведена в XVIII веке на месте упраздненной надвратной часовни. В основании колокольни лежали горизонтальные брёвна диаметром 85 см. Завершалась она шатром с крупной главой, покрытой лемехом. Колокольня сохранялась до 30-х годов XX века, но уже в значительно перестроенном виде.
В 1910-е годы в приходе церкви значилось более 950 человек и было две приписных церкви: Спасская в селе Спасопустынском и Кирико-Иулитская в д. Пьяновской.
В 1925 году по постановлению Иркутского губисполкома здание Богоявленской церкви было принято под государственную охрану как памятник архитектуры. До 1934 года в церкви продолжались богослужения. В тот год пожар уничтожил в селе школу, и община верующих церкви добровольно передала сельсовету во временное пользование церковное здание, чтобы в храме разместить школу. С тех пор здание к верующим более не возвращалось. Вскоре храм переоборудовали под кинотеатр. С 1948 года, согласно постановлению Совета Министров РСФСР, церковь была взята под государственную охрану.
Во время строительства Братской ГЭС во вт. пол. 1950-х гг. село Братско-Острожное попало в зону затопления и было снесено вместе со всеми строениями, независимо от их охранного статуса. Ныне на месте, где стоял Братский острог и Богоявленский храм - акватория Братского водохранилища.