Церковь Петра и Павла была построена как временная для Шенкурского женского монастыря в первой половине XIX века. В 1856 году перевезена в Шенкурский тюремный замок как домовая, с севера пристроена лазаретом и иными помещениями. В советские годы тюрьма была упразднена, а в тюремных постройках размещалась больница.
В 1990-е здание церкви и тюремного корпуса запущено, и пустует по сей день. Здание нуждается в срочной консервации.
Объект значится как памятник архитектуры регионального значения, местной администрацией и жителями обсуждается возможность его реставрации.
Помощь в составлении статьи оказала сотрудница Шенкурского краеведческого музея Ксения Кузнецова