Церковь в Болотном - третье по времени сооружения православное культовое здание на территории Болотнинского района. В конце 30-х г.г. XIX в. жители села Болотное обратились в Духовную Консисторию с просьбой о дозволении на строительство в селе собственной церкви. 19 марта 1838 г. эта просьба была удовлетворена. Томская губернская строительная комиссия освидетельствовала грунт земли, назначенной под строение, после чего в центре села (угол современных улиц Московская и Комитетская) началось строительство однопрестольной деревянной церкви, названное во имя Св. Николая Мирликийского.
В 1911-1912 г.г. рядом со старым, обветшавшим зданием Болотнинской церкви было построено новое деревянное здание однопрестольной церкви на кирпичном фундаменте, под железной крышей. В 1913 г. старое здание было разобрано. В 1914 г. при церкви в Болотном служил настоятель Александр Николаевич Мигай, второй священник Сергей Гаврилович Коновалов, дьяк Александр Строганович Кирилов, псаломщик Евгений Николаевич Захваткин. В составе прихода было 5704 прихожанина из Болотного, Мануйлово, Саввино, Таскаево, Зудово, Н-Елбакское, Карасево, Поселья, Киряково других сел.
Приходская земля включала в себя 120 десятин. Весь причт содержался при готовых причтовых домах, жалованье о казны составляло 180 рублей, доходы от треб - до 2500 рублей. Болотнинская церковь относилась к благочинию 48 округа.
Деревянная однопрестольная церковь во имя Святителя Николая в селе Болотное была построена в 1912 г. на пересечении улиц Московского тракта и Гондатьевской (Гондатьев - Томский губернатор). До богоборческой революции служили в ней два священника, псаломщик и диакон на должности псаломщика. При церкви были причтовые дома и 120 дес. земли в селе Болотное, в деревнях Мануйлово и Зудово. Церковь попечительствовала над церковно-приходской школой при станции Болотное, железнодорожным училищем и ремесленной школой в селе Болотное. Из документов стало известно, что церковное попечительство существовало с 1825 г., священник о. Александр (Николаев) на Болотнинском приходе был с 1909 г., прослужил до 1914 г. Вторым священником с 1912 г. был о. Сергий (Коновалов). После революции храм передали обновленцам. А потом его совсем закрыли (Распоряжение Облисполкома № 35 от 10.02.40 г.). Церковь была отдана под склад. Позже в бывшем храме открыли кинотеатр «Победа». В 1952 г. здание сгорело.
Верующие жители г. Болотное неоднократно обращались в Новосибирский облисполком о возврате церкви и возобновлении богослужений. Дважды это ходатайство было отклонено. Наконец, в июле 1945 г. было получено разрешение на открытие молитвенного дома (Постановление Совета по делам Русской Православной Церкви при Новосибирском облисполкоме от 27 июля 1945 г.). В октябре того же года митрополит Варфоломей назначил в район Болотное священника о. Стефана (Крылова), который оформил регистрацию прихода у Созонёнка П. П., уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви при Новосибирском облисполкоме, 12 октября 1945 г. за № 18-45. С 25 октября 1945 г. началось богослужение в домах у верующих: Земцова Т. Е., Лапенко М. К., Вужаркиной А. М. В своём информационном докладе в 1946 г. т. Созонёнок П. П. сообщает: «В сентябре 1946 г. приходской общиной г. Болотное куплено помещение под молитвенный дом вместимостью до 250 человек. После небольшого ремонта и осмотра комиссией начнёт функционировать (имеется свидетельство, что молитвенный дом начал функционировать 14 октября 1946 г. - в Покров)».
Молитвенный дом находился на улице 2-я Кондукторская, д. 7. Его купили на пожертвования жителей Болотного. Нарекли новый храм именем Святителя Николая, Чудотворца. По воспоминаниям старожилов престол храма был освящён митрополитом Варфоломеем в 1948 г. В 1947 г. общиной был куплен дом с надворной постройкой за 25000 рублей по улице 1-ая Кондукторская, д. 8 для проживания священника (Договор от 8 октября 1947 г.).
Первый священник, настоятель церкви, о. Стефан прослужил с 13 октября 1945 г. до 4 января 1948 г. Когда скончался о. Стефан, верующие установили на его могиле огромный металлический крест со сгоревшей церкви. Вторым священником был о. Михаил (Благовидов). После кончины о. Стефана он был назначен настоятелем храма. В конце 1949 г. настоятелем церкви был о. Пётр (Беляев). Он построил в церковной ограде причтовый жилой дом, сторожку - крестильню. 3 апреля 1952 г. Святейший Патриарх Алексий наградил о. Петра митрой. В последующие годы храм расширили, перестроили. Когда о. Николай (Чугайнов) был настоятелем Никольского храма, церковь стала двухэтажной. В 1980 г. установили новый иконостас, вырезанный мастером М. И. Селезнёвым из Рубцовска.
Сейчас в храме служат три священника и диакон. Настоятель церкви - иерей Алексий (Матанцев). В храме есть старинные иконы. Многие иконы попали из других храмов, по большей части из разрушенных церквей. Чтимые иконы храма и святыни: иконы Архистратига Божия Михаила; икона святого великомученика и целителя Пантелеимона; икона Святителя Николая. Чудотворца; икона Преподобного Серафима Саровского; частица святых мощей Феодора Томского; частица святых мощей старца Амвросия Оптинского; частицы мощей преподобных Александры, Елены, Марфы -Дивеевских сестер. Частицы святых мощей Феодора Томского и Амвросия Оптинского были привезены настоятелем о. Алексием из паломнической поездки с прихожанами в г. Томск в августе 2002 г. А частицы мощей преподобных сестер Дивеевских были привезены о. Анатолием (Рублёвым) из Серафимо-Дивеевского монастыря в 2001 г. В алтаре находится образ Пресвятой Богородицы «Васнецовская». Её написал иеромонах Серафим, который раньше служил в этом храме.
Из истории православия на территории Болотнинского района, http://www.orthedu.ru/kraeved/15723-iz-istorii-pravoslaviya-na-territorii-bolotninskogo-rayona.html; http://rodinoved.ru/bolotnoe/istoriya/
