Церковь Космы и Дамиана в Печниково существовала с XIX века, сгорела в 1907 году. Восстановлена была уже после 1917 года (явление не уникальное для Каргополья), в 1927 году она уже действовала. Была закрыта в 1930 году, впоследствии сгорела. Закрытие храма сопровождалось протестами местных жителей, вслед за которыми последовали репрессии. В настоящее время на месте сгоревшего храма поставлена часовня, освященная во имя преп. Кирилла Челмогорского, рядом сооружен мемориал с памятной плитой из камня, бывшего в основании разрушенной церкви. На ней выбиты имена печниковцев, репрессированных за Веру.
Новая церковь строится в центре села по проекту А.Б. Бодэ в формах, близких к утраченной Богородице-Рождественской церкви в Красной Ляге, разобранной в советское время.