Деревянный храм в городе Мажейкяй первоначально был построен в 1894 году и освящен в честь сошествия Святого Духа на Апостолов. Был воздвигнут около железнодорожного вокзала на средства купца из Кронштадта И. Козловского, который пожертвовал на строительство 5000 рублей.
После Первой мировой войны здание Свято-Духова храма было передано комендатуре, позднее – в ведение школы. Оно долгое время стояло в запустении, т.к. требовался капитальный ремонт. Около трехсот православных собирались молиться в лютеранском молитвенном доме или в частных домах. Несмотря на прошения в МВД и в Министерство путей сообщения, здание храма не возвратили. В 1928 году оно было перестроено в костел для учащихся. Таким образом, православные верующие окончательно лишились своего храма.
В 1933 году православным удалось воздвигнуть новую небольшую деревянную церковь в честь Успения Божией Матери, на строительство которой правительство выделило 5000 литов и лесоматериал также на 5000 литов. Иконостас для новой церкви и прочую церковную утварь со старого храма возвратить не удалось – ей был передан иконостас из военной церкви Алитуса.
По данным Епархиального Совета, в 1937 году постоянных прихожан Успенского храма было 379 человек.
В советские времена приход был официально зарегистрирован в 1947 году.
По материалам официального сайта Виленско-Литовской епархии