Из архивных документов известно, что первый храм был деревянный, но он сгорел в 1805 г. Второй был каменный и построен в 1818 г. В 1853 г. из-за близости и угрозы подмыва берега, на котором стоял храм, его разобрали. Новый каменный храм был выстроен на высоком берегу в 1859 г., земли при ней пахотной и сенокосной 99 десятин. За время существования в Молчанове церкви в ней служило 26 священников и 6 дьяконов. По архивным документам 1898 г., священником был Николай Кидаров, 42 лет. На службе священника состоял с 19 февраля 1880 г. Имел награды: набедренник и скуфью. Последнюю награду получил 17 марта 1898 г. Псаломщиком у него был Никанор Лебедев, 38 лет. На службе псаломщика с 23 ноября 1882 г. Прихожан в церкви мужского пола 837, женского пола 773. По данным 1911 г. известно, что священником был Николай Чистосердов 31 год, рукоположен во священника к сей церкви 14 октября 1901 года. Награжден набедренником и наперсным крестом. Псаломщик Петр Пиковцев, 28 лет. Назначен псаломщиком к сей церкви 11 сентября 1905 года. Прихожан почти 4764 души.
Приход был закрыт 2 февраля 1930 г. После закрытия прихода изменился и внешний облик храма — были снесены колокольня и центральный купол. Здание отдано под Дом культуры, позже в нем размещались склады райпотребсоюза. С 1961 года храмовое здание заняла автоматическая телефонная станция. С этого момента началась дальнейшая переделка здания. Алтарь изолировали от центральной части храма кирпичной перегородкой, точно такое же ограждение разделило притвор и центральную его часть. По всему строению был возведен второй этаж с отдельными комнатами и бетонным половым перекрытием. Окна приняли прямоугольную форму. Это привело к тому, что храм Божий стал серым административным зданием.
Приход вновь образован 27 мая 1998 г. по благословению владыки Аркадия епископа Томского и Асиновского указом от 25.05.98 г. В связи с тем, что здание храма было занято и в нем размещался телефонный узел связи, по согласованию с администрацией района для временного проведения богослужений было выделено место в фойе районного центра досуга. 6 сентября 2009 г. храм был освящен архиепископом Томским и Асиновским Ростиславом.
Источник: сайт храма http://molchanovo.cerkov.ru/