Убожество и теснота тёплой церкви производили неблагоприятное действие на посетителей богомольцев. Они желали видеть чудотворные иконы в благолепном и поместительном храме. Посему игумен Ипполит доносил преосвященному Варнаве, что в новом храме служба отправляется с великою нуждою, что приезжие жители Архангельска и других городов и мест желают видеть в Красногорской обители каменную церковь во имя Пресвятой Богородицы и усердствуют на то от сокровищ своих. Мысль о постройке каменного храма нашла сочувствие и вызвала пожертвования. Уже произведены были заготовки материалов кирпича, извести железа; но преосвящённый не мог свею властью разрешить постройки, по силе существовавшего (1714–1729 г.) высочайшего повеления, коим, за скудостью мастеров каменщиков потребных для благоустройства С.-Петербурга, во всём государстве каменные здания строить воспрещено, под страхом разорения имения и ссылки.
Нужды Архангельской епархии, поправки развалившихся каменных церквей, достройка начатых, вызвали ходатайство. Преосвященный Варнава просил Сенат о дозволении сделать необходимые в епархии поправки старых каменных церквей и окончить начатые постройки новых в Холмогорах, на Глинском посаде, в Быстрокурской волости и в Красногорском монастыре. Просьба была уважена. На докладе Сената рукою Петра Великого написано: «Достроить с верным свидетельством и подписанием губернаторов или воевод, что подлинно не вновь».
В 1723 году 22 августа, по благословению преосвященного Варнавы, протоиерей Холмогорского Спасского собора Иов положил основание каменного храма, который украшает ныне обитель Красногорскую. Постройка производилась сбором пожертвований, заносившихся в книгу, за подписью и скрепою преосвященного Варнавы, в начале которой он обращается к благотворителям, с такими словами: «Вашим милостям и преизящному благодетельству, доброхотным ктиторам и благоподатливым вкладчикам всех благ небесных и земных всеусерднейший желатель и слуга униженный, нижайший богомолец, всесмиреннейший Варнава архиепископ Холмогорский обще с вышеименованною братиею челом бию и нижайше кланяюся». – Но частные пожертвования не покрывали всех расходов, и постройка могла окончиться только при пособии казны. Движимая религиозным чувством и усердием к славе чудотворных икон Владимирской и Грузинской Божией Матери, императрица Анна Ивановна повелела отпустить на достройку каменного храма в Красногорский монастырь, из таможенных архангелогородских сборов, тысячу рублей, о чем, и дан был указ губернатору генерал-майору Шувалову в 1732 году. С тех пор под руководством деятельного строителя Иеромонаха Феодосия работа шла успешно: заготовлялся лес, открыт кирпичный завод выделывавший кирпич от 18–20 фунтов. Придельный храм чудотворной Владимирской иконы Божией Матери освящен в 1726 году, по благословлению преосвященного Варнавы, игуменом Иаковом с десятским священником Юрольского прихода Стефаном и диаконом Волоко-Пинежским Иваном Ботевым. Освящение же главного храма чудотворной Грузинской иконы Божией Матери происходило 22 марта 1735 года.
В каменный храм на северной стороне, по левую сторону храма Владимирской иконы Божией матери, усердием мещанина города Пинеги, Михаила Егорова Кобылина, поставлен другой придельный храм в память чуда Архистратига Михаила (6 сентября), освящённый 1841 года; им же пожертвован Красногорскому монастырю колокол весом 131 пуд 33 фунта.
На деревянной паперти каменного храма в 1763 года надстроена восьмиугольная деревянная колокольня, переделана ограда, построены игуменские кельи, в 1773 году придельный храм св. иконы Владимирской Божией Матери отделён каменною стеною. 1802–1805 года, при входе в каменный храм, на месте бывшей деревянной трапезы, поставлена каменная колокольня, с помещением в среднем ярусе библиотеки и архива монастыря; оставшийся при разборке деревянной колокольни и паперти годный материал обращён в башню, стоящую на юго-западном углу ограды.
Когда, кем и по какому случаю устроена в 5 верстах от монастыря, на святом ручье, как называется он издревле, деревянная часовня, – в архиве Красногорского монастыря сведений нет. Прозрачной весьма холодной, вытекающей ручьём из горы воде, народная вера приписывает целебные свойства. Купающиеся больные оставляют в нём полотенца или платки, которыми утирались. Преосвященный Евлампий, епископ Архангельский, 3 июня 1808 года ходил на святой ручей, находившуюся на нём часовню, нашел ветхою и тогда же велел возобновить.
Между 1803–1808 годами, по плану указанному преосвященным Евлампием, сложены два одноэтажных каменных дома, один для настоятеля, другой в помещение братии; тогда же к бывшим конному и коровьему дворам поставлена новая высокая изба с амбарами и кладовою. В то же время при монастыре имелась ветряная и на реке Чушелке водяная мукомольные мельницы. 1811 году построены покои для братской хлебни, трапезы и гостиницы, ограда пред настоятельскими кельями обнесена частоколом, к 1858 году деревянная ограда заменена каменною. В следующем 1859 г. каменный храм оштукатурен внутри и окрашен с разделкою и живописью по стенам, исправлен и позолочен иконостас; в 1865 г. железная крыша на церкви и колокольне выкрашена, а кресты покрыты червонным золотом.
Архиепископ Макарий (Миролюбов) «Описание Красногорского Богородицкого мужского общежительного монастыря Архангельской губ., Пинежского уезда».