Населенный пункт был основан в 1784 году крестьянином деревни Каменной Тарсминской волости Федором Васильевичем Зарубиным, в честь которого и получил свое название - Зарубино.
В 1811 году в деревне Зарубино проживала 21 душа мужского пола.
В 1821 году деревня Зарубино находилось в подчинении Касьминского волостного правления.
В 1858 году Духовная Консистория издала указ от 21 июня к постройке по одобренному чертежу № 5 в д. Зарубиной церкви. Строительство предполагалось на иждивение прихожан, на добровольные пожертвования от разных лиц и помощь Духовной Консистории.
В приход будущей церкви определили деревни: Зарубину, Хорошеборскую, Некрасову, Каменную, Терехину, Толстову, Симонову, Юрманову и Ямскую.
В 1865 году здание храма Свято-Троицкой церкви в д. Зарубиной было освящено. С этого времени официально оно стала называться село Зарубинское.
В 1887 году в с. Зарубинском открылась церковно-приходская школа, которая размещалась в небольшой церковной сторожке, рядом с церковью.
С 1929 года село Зарубино - центр одноименного сельского совета в составе Топкинского района.
В 1937 году в селе Зарубино был арестован и расстрелян последний священник Свято-Троицкой церкви Крестовоздвиженский Александр Иванович, а сама церковь была закрыта.
Источник: сайт "Сельские поселения Топкинского района" http://selpo-tpk.ru/content/istoriya-selskogo-poseleniya-0