Населенный пункт был основан в 1784 году крестьянином деревни Каменной Тарсминской волости Федором Васильевичем Зарубиным, в честь которого и получил свое название - Зарубино.

В 1811 году в деревне Зарубино проживала 21 душа мужского пола.

В 1821 году деревня Зарубино находилось в подчинении Касьминского волостного правления.

В 1858 году Духовная Консистория издала указ от 21 июня к постройке по одобренному чертежу № 5 в д. Зарубиной церкви. Строительство предполагалось на иждивение прихожан, на добровольные пожертвования от разных лиц и помощь Духовной Консистории.

В приход будущей церкви определили деревни: Зарубину, Хорошеборскую, Некрасову, Каменную, Терехину, Толстову, Симонову, Юрманову и Ямскую.

В 1865 году здание храма Свято-Троицкой церкви в д. Зарубиной было освящено. С этого времени официально оно стала называться село Зарубинское.

В 1887 году в с. Зарубинском открылась церковно-приходская школа, которая размещалась в небольшой церковной сторожке, рядом с церковью.

С 1929 года село Зарубино - центр одноименного сельского совета в составе Топкинского района.

В 1937 году в селе Зарубино был арестован и расстрелян последний священник Свято-Троицкой церкви Крестовоздвиженский Александр Иванович, а сама церковь была закрыта.

Источник: сайт "Сельские поселения Топкинского района" http://selpo-tpk.ru/content/istoriya-selskogo-poseleniya-0

Церковь деревянная, однопрестольная, во имя Св. Троицы, построена в 1865 г. При ней 120 десятин земли. Расстоянием от г. Томска 150 верст. Приход состоит из села Зарубина и деревень: Хорошеборская, Толстова, Каменка, Большеямная, Юрманова, Симонова, Чашинская, Шишина, Сосновка и Терехина. Прихожан обоего пола 4853 души.

Причта по штату: один священник и один псаломщик. Содержание причта при готовых причтовых домах: жалование от прихожан 200 руб. в год и 474 пуд. Руги, и доходы от треб до 900 руб.

В селе церковно-приходская школа и две министерских. Церковно-приходское попечительство существует с 1807 г.

Священник Сергей Александрович Цветков, псаломщик Никандр Евгеньевич Аргентов.

Справочная книга по Томской епархии /составлена служащими консистории под руководством В.А. Карташева в январе-марте мес. 1914 г./ Томск: Товарищество "Печатня С.П. Яковлева", 1914 г.