Главной святыней храма является гробница святой Шушаник. После церковного раскола между армянами и грузинами в начале VII века католикос Кирион перенес останки святой из небольшого городка Цуртави в храм Метехи. Останки святой царицы находятся в диаконском месте. Известно, что царица Тамар украсила тело святой царицы позолоченными одеждами и воздала ей особое почтение.
Ранее в храме находилась собственная икона, высеченная в XVII веке, — Богоматерь Младенца, утраченная во время нашествия кызылбашей.
Также, по преданию, Метехская скала была местом пыток Або (VIII в.), который является покровителем Тбилиси. В честь него у подножия скалы построена небольшая церковь.
Церковь Рождества Богородицы Метехи — одна из старейших церквей, построенных в Тбилиси. Исследователи подтверждают, что храм был построен в VI веке. Царь Вахтанг I Горгасали возвел здесь церковь, замок и дворец, который также служил царской резиденцией. Храм символизировал храм Богородицы в Гефсиманском саду в Иерусалиме.
Название храма следует связывать с иконой Богоматери Метехской, почивающей в церкви. В исторических источниках этот храм упоминается как «Метехани» или «Метехта». Сам историк называет храм «Исанта», а не «Метехи». Он был возведен «для размещения» иконы «Богоматери Метехской». Эта икона, должно быть, пользовалась большим уважением. Поскольку храм был представлен народу как резиденция «Богоматери Метехской», это название закрепилось раньше. Примечательно, что во всех древних документах до XVII века название употребляется во множественном числе.
В VIII-XI веках Метехи был резиденцией Амира Тбилисского. В грузинских исторических источниках скала Метехи упоминается в XI-XIII веках как мощная укрепленная крепость, где находились покои царей Багратовых.
«Метехи» встречается в исторических источниках XII века. В 628 году была построена новая церковь вместо разрушенной хазарами. По словам историка царицы Тамары Василия, когда царь в 1195 году отправил грузинское войско на битву при Шамкори, она пришла в Метехский собор босиком и со слезами молилась за Грузию. Во время правления царя Русудана, в 1226 году, монголы снова разрушили церковь Рождества Богородицы в Метехи.
Во второй половине XVII века Метехский храм был заброшен и поврежден. В 1660 году церковь была повреждена грозой. В первой половине XVIII века в крепости Метехи размещался турецкий, а затем персидский гарнизон.
В 1690-х годах царь Ираклий I вместе с крепостью Назарли-хана Маметехи передал церковь персам, которые продолжали использовать ее как склад оружия. Церковь была восстановлена ??только после того, как царь Ираклий II победил Абдулла-бека в 1748 году. Он отремонтировал поврежденную церковь и восстановил ее купол.
В 1795 году храм снова пострадал во время нашествия Агамахмадхана . С 1798 по 1800 год церковь строил царь Георгий XII. После 1801 года церковь Метехи продолжала действовать. В 1819 году по приказу генерала Ермолова старая крепость была разрушена, а вместо нее построено двухэтажное здание (вокруг скалы), которое использовалось как тюрьма. После этого бывшую крепость Исани переименовали в тюрьму Метехи, а церковь превратили в тюремную церковь. Общая архитектура Метехи изменилась: вокруг церкви вместо многобашенной ограды появились новые здания казарменного типа.
После установления советской власти Метехская тюрьма была упразднена в 1934 году. Здания бараков, построенные вокруг Метехи в 1937 году, были снесены. Во время Большого террора Лаврентий Берия решил снести церковь, но встретил сильное сопротивление. Его возглавил художник Дмитрий Шеварднадзе. Берия предложил создать уменьшенную копию церкви для музея, что было решительно отвергнуто последним. Шеварднадзе был арестован и позже приговорен к смертной казни за сопротивление. Тем не менее, здание все же удалось спасти.
Долгое время храм был бездействующим. С 1979 года в нем действовал Государственный молодежный драматический театр-студия, выступавший под названием «Театр Метехи». Позже храм был превращен в мастерскую художника.
В мае 1988 года по благословению Католикоса-Патриарха всея Грузии Илии II на церкви был водружен новый крест и возобновлено богослужение. Прихожане церкви отремонтировали иконостас разграбленного храма.
Существует легенда об основании Метехи. Осетинский вождь Бакатари похитил трехлетнюю сестру Вахтанга, Хварами. Царь решил спасти сестру. Сестра тайно послала Вахтангу послание: Если ты все еще хочешь сражаться с Бакатари, помни, что он ходит в полном доспехе, его можно убить, только если ранить его в пах. Бахатар поклялся ему: Пока я не перейду воду, не выпускай стрелу и не начинай сражаться. Вахтанг нарушил клятву и метнул стрелу в Бакатара. Поскольку Вахтанг нарушил клятву, он построил храм Метехи для покаяния, что означает «Я нарушил клятву».
Одна из других легенд повествует о том, что однажды царь Вахтанг и Осбакатари вступили в схватку. Вахтанг одолел врага и крикнул: «Сокруши врага». В знак этого он построил церкви в Тбилиси и в селе Метехи.
По материалам сайта "Georgian travel guide"