Знакомясь с монастырём в предверии его 1000-летия, новый настоятель, игумен Никандр обратил как-то внимание на полузасыпанную пещеру в горе позади храма святого Георгия Победоносца и узнал от монахов, что это "остатки древней пещерной церкви, которая существовала от времён апостольских". 23 января 1891 года приступили к очистке этой пещеры, в которой оказалось целый пласт "культурного слоя" - аршин песка, каменьев и разного мусора. Когда же всё очистили, то оказалось, в пещере сохранилась выложенная из камня стенка, два углубления и высеченные из камней два уступа и три ступени в виде винтообразной лесенки. В одном углу у стенки под большим камнем нашли 75 древних серебряных монет неизвестного происхождения. Десять из них настоятель направил в Таврическую епархию, откуда половина попала в Таврическую Архивную комиссию, а другая - в один из музеев Санкт-Петербурга. Ещё десять монет попали управляющему канцелярией Святейшего Синода В. К. Саблеру. После этого в душу Никандра запала мысль о возобновлении пещерного храма.
В конце августа Таврический епархиальный архитектор К. Дорошенко вместе с настоятелем осмотрел остатки пещерного храма и выдал положительный вердикт: "...проект должен представлять лишь реставрацию внутри - снаружи же... должен быть исполнен в византийском вкусе...", - сказал Дорошенко. К ремонтным работам приступили 29 декабря 1892 года и завершили лишь в 1893 году. Большую часть средств на создание пещерного храма выделил в 1893 году городской голова Севастополя Алексей Андреевич Максимов. Восстановительные и ремонтные работы выполнялись по проектам архитекторов В. Фельдмана и Н. Чагина, до этого проектировавшего Форосскую церковь Воскресения Христова и интерьеры верхнего храма Владимирского собора в Херсонесе.
Проект иконостаса выполнил В. А. Фельдман. Он был одноярусный деревянный, резной, покрытый позолотой, с одними створчатыми дверями. Царские врата - в виде полуциркульной арки, увенчаны крестом. Справа имелось изображение Христа Спасителя, слева - Св. Девы Марии. Фасад нижнего яруса пещерного храма представляли собой глухую стену с входным проёмом, обрамлённым небольшим порталом в центре. Слева и справа на перекрытие первого яруса вели пологие пандусы. Престол и кафедра вырублены в скале. Второй ярус - в виде прижатой к скале небольшой часовни - состоит из трёх сомкнутых полуциркульных арок, опирающихся на столбы. Центральная арка, в виде притвора, увенчанная крестом, в свою очередь, заполнена лёгкой трёхчастной византийской аркадой. С двух сторон к ней примыкали по бокам сходы. В мозаичном полу второго яруса были обозначены даты "891-1891". Несмотря на значительные утраты, фасад этой церкви и сейчас поражает красотой, изяществом и тщательностью отделки.
В 1929 году здания обители были переданы санаторию ОСОАВИАХИМа (Общество содействия обороне, авиационному и химическому строительству), а храм Рождества Христова - Севастопольскому музейному объединению. 30 августа 1994 года архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь назначил наместником обители игумена Августина (Половецкого). 27 декабря 1994 года Священный Синод УПЦ благословил открытие Свято-Георгиевской обители. Приступив к своим обязанностям, настоятель организовал реставрацию пещерной церкви Рождества Христова. Через несколько лет этот отреставрированный пещерный храм стал неотъемлемым украшением Свято-Георгивского монастыря на мысе Фиолент.
С сайтов: www.pravoslavie.ru/put/080219112817/Балаклавский монастырь святого Георгия Победоносца и www.krimoved-library.ru/books/В. Г. Шавшин/"Балаклава. Исторические очерки"