Закладка нового каменного храма состоялась в 1784 году на месте прежде бывшей деревянной Димитриевской церкви, а через пять лет, в 1789 году, строительные работы были закончены. В этом же году состоялось освящение настоятелем рыбинского собора протоиереем Михаилом Сосниным теплого придела во имя великомученика Димитрия Солунского, устроенного в трапезной части нового храма. В приделе был использован иконостас и иконы старого Димитриевского храма.
В мае 1793 года последовало разрешение об освящении и главного престола церкви в честь Рождества Христова. При этом ветхую деревянную Рождественскую церковь дозволялось разобрать с употреблением «леса из оной на построение деревянной церковной ограды». Освящение новой церкви, на новом антиминсе, было совершено по благословению архиепископа Ростовского и Ярославского Арсения (Верещагина) в июне 1793 года настоятелем рыбинского собора протоиереем Михаилом Сосниным. Им же была составлена опись новоустроенной церкви, которая нам позволяет сегодня судить о её внутреннем убранстве.
Купола и вся церковь в те годы были покрыты тесом и выкрашены красной краской, железное же покрытие «с опайкой купола» было выполнено только в 1804 году. Довольно поместительный алтарь храма размером 7,1х7,1 метра освещался четырьмя окнами, имел над святым престолом сень местами украшенную золоченой резьбой.
Четырехъярусный иконостас имел гладкую основу, вызолоченную «по местам двойным золотом», и резные золоченные царские врата с традиционными написанными красками изображениями «Благовещения» и четырех евангелистов. С правой стороны царских врат находилось ростовое изображение Спасителя с предстоящими в молении преподобными Сергием и Варлаамом. Поля иконы были украшены медным окладом, а образ Спасителя - серебряными венцом и цатой. Далее в местном ряде помещался храмовый образ Рождества Христова, украшенный десятью серебряными золочеными венцами и одной цатою. Рядом находилась южная дверь с изображением на ней архидиакона Лаврентия. Завершали местный ряд иконы Иоанна Предтечи с «басебным» серебряным венцом и житийный образ святителя Николая Чудотворца с 13 серебряными венцами и цатою.
С левой стороны царских врат местный ряд продолжал образ Успения Пресвятой Богородицы с тремя серебряными золочеными венцами. Далее помещался образ Иоанна Богослова с медным золоченым венцом и далее северная дверь с изображением на ней архидиакона Стефана. Завершали местный ряд с этой стороны две иконы с изображением на одной из них пророка Илии и великомученика Георгия Победоносца, а на второй — великомученицы Параскевы Пятницы с изображением в клеймах её страданий. Над царскими вратами была устроена резная сень, в которой находилось изображение Тайной Вечери, по сторонам которой располагались иконы двунадесятых праздников. Над сенью установлены два резных ангела с рипидами.
Третий ярус иконостаса состоял из деисусного чина с изображением апостолов, а четвертый составляли только три иконы пророческого ряда. Кроме центральной иконы Божией Матери «Печерская» здесь находились изображения двух пророков: Соломона и Давида. Выше образа Божией Матери в золоченом клейме был изображен Господь Саваоф, а завершало композицию иконостаса резное Распятие Иисуса Христа с предстоящими Божией Матерью и Иоанном Богословом, написанных красками. В среднем куполе находилось живописное изображение Коронования Божией Матери.
По обеим сторонам солеи были устроены клиросы столярной работы, выкрашенные красками, с двумя заклиросными иконами, помещенными в киоты: «Воскресение Христово» с двунадесятыми праздниками и Казанская икона Божией Матери.
При строительстве новой каменной церкви строители и благоукрасители старались всегда украсить новый храм вновь написанными иконами, установить в конечном итоге новые иконостасы и киоты. В таком случае, после упразднения и разборки прежде бывшей деревянной церкви, оставалось большое количество старых, нередко обветшавших икон, которые по обычаю устанавливали в новую каменную церковь, размещая их на стенах трапезной и в прочих местах. По прошествии времени некоторые из них поновляли и оставляли в церкви или переносили в приходские часовни, а большую часть окончательно обветшавших икон просто помещали в кладовку. Так получилось и при упразднении деревянной Рождественской церкви в селе Арефино, когда старые иконы были установлены в новой каменной церкви, по южной и северной стене в два ряда, а на западной стене в один ряд. Это были иконы апостольского, пророческого и праотеческого рядов старого иконостаса общим количеством 51 икона. В теплой трапезе, которая соединялась с храмом через деревянные двери со стеклянной аркой, находились 12 разных икон.
Композиция церкви Рождества Христова традиционно ориентирована по оси «запад-восток». Квадратный в плане четверик имеет с востока алтарь со скругленной восточной стеной. С запада к четверику пристроена небольшая, безстолпная трапезная и квадратная в плане ярусная колокольня. Южный и северный фасады четверика имеют почти равные им по ширине сильно выступающие ризалиты. Завершенные треугольными фронтонами, они вызывают ассоциации с портиками, придавая постройке некоторую торжественность. Четверик венчает широкая световая ротонда, перекрытая сферическим куполом. Желание строителей и прихожан сохранить традиции древнерусской архитектуры в сооружаемом храме выразилось в необычном сочетании купольной ротонды эпохи классицизма с традиционным пятиглавием. Центральную главу на световом барабане здесь дополняют установленные по краям купола ещё четыре луковичных главки на высоких тонких барабанах. Такая композиция выглядела необычно и несколько наивно, но в провинции это был не единичный случай, правда, в Рыбинском уезде подобных примеров больше не было.
Нижний ярус колокольни был оформлен с трех сторон двухколонными портиками тосканского ордера. Прорезанный открытыми арками второй ярус колокольни имел кубическую форму со скромным оформлением, а вот третий ярус, где размещались колокола, привлекал внимание не только своей восьмигранной формой, но и необычной граненой кровлей, увенчанной сложной композицией из восьмигранного барабана и луковичной главы на тонкой шее с перехватом. В целом весь архитектурный ансамбль церкви Рождества Христова представлял собой довольно любопытную картину несколько наивного сочетания в одной постройке форм, характерных для разных стилей.
При освящении церкви в 1793 году на колокольне было шесть колоколов, из них самый большой весил всего 560 килограмм, но в последующие годы колокольный набор пополнялся новыми колоколами. В 1863 году на средства, пожертвованные петербургской купчихой 1-й гильдии Екатериной Поповой, был отлит в память её мужа купца Григория Попова самый большой из них, весом в 4223 килограммов. Всего на колокольне церкви в 1919 году было семь колоколов полным весом 7,52 тонны.
Из документов следует, что церковь Рождества Христова имела в теплой трапезной только один придел, а ранее намечавшийся к постройке придел Иоанна Предтечи не был устроен из-за тесноты трапезной. В 1824 году при переделке пола в трапезной церкви придел был перенесен с левой стороны на правую (южную) сторону. При этом был изготовлен и установлен новый иконостас, престол и жертвенник.
В декабре 1885 года в приходе села Арефино было создано церковно-приходское попечительство, задачей которого стал сбор средств для ремонта приходских церквей. В январе 1886 года на общем собрании попечительства обсуждался вопрос ремонта церкви Рождества Христова и уже в феврале этого же года была объявлена подписка, по результатам которой в приходе было собрано 933 рубля. На эти средства был произведен ремонт интерьеров церкви. Заново был выкрашен светло-голубой краской главный иконостас, на нем была заново позолочена резьба, иконные рамы, а колонны отделаны под светло-голубой мрамор. Кроме этого были заново позолочены заклиросные киоты, напрестольная сень в алтаре и поновлены с позолотой иконы иконостаса. Также в летней церкви был заменен чугунный пол деревянным с уборкой под ним лишнего мусора и устройством для вентиляции специальных продухов. Была полностью уничтожена старая стенная живопись, и церковь была заново расписана с покраской стен голубым колером и масляными белилами оконных рам и дверей.
В приходе существовала деревянная летняя церковь великомученика Димитрия Солунского, упраздненная за ветхостью, на месте которой в 1784 году была заложена новая каменная церковь Рождества Христова. Сегодня трудно определить время построения той деревянной церкви, но можно предположить, что это событие произошло в конце XVII века и не факт, что это была первая деревянная церковь на этом месте. При вновь выстроенной каменной церкви был устроен теплый Димитриевский придел, освященный в 1789 году, богослужения в котором проводились в зимнее время. По прошествии времени и увеличения численности прихода этот придел стал тесен для многочисленных молящихся и в 1842 году священнослужителями и прихожанами было подано прошение о разрешении в их селе построить новую каменную теплую церковь во имя святого пророка Илии. В июне этого года разрешение было получено и надзор за построением новой церкви поручен местному прихожанину господину Сабанееву, а в строительный сезон 1843 года все работы по возведению храма были уже закончены.
Новая Ильинская церковь, сохраняя традиционное трехчастное членение архитектурных объемов, имеет фасады, оформленные в стиле позднего классицизма. Западный фасад, в центре которого располагался парадный вход, имеет четырехколонный тосканский портик с треугольным фронтоном. Стены трапезной и прямоугольного алтаря рустованы и прорезаны высокими окнами с полуциркульными перемычками. Кубической формы четверик основного объёма двухсветный, с одинаковыми северным и южным фасадами. В композиции каждого из боковых фасадов доминирует большое полукруглое окно «второго света» в филенчатом обрамлении. Верхние углы четверика имеют круглые ниши, в которых размещались росписи. Под полукруглым окном расположена ниша с тремя окнами нижнего света, разделенными тосканскими пилястрами, при этом над центральным окном расположен сандрик на кронштейнах, а над боковыми окнами — продолговатые ниши. Любопытно завершение купола на низком глухом барабане, выполненное в виде стилизованной главы, посаженной на декоративный световой фонарик кубической формы. Прежде бывший в летней церкви зимний Димитриевский придел был перенесен в новый зимний храм, где уже размещался не в трапезной, а в алтарной апсиде, рядом с главным алтарем.
Помещения церкви отапливались тремя изразцовыми печами, имели выбеленные стены и своды, а в 1861-1862 годах Ильинский храм был расписан стенной живописью на церковные средства и пожертвования петербургской купчихи Екатерины Поповой. Работы были исполнены иконописцем Пошехонской Адриановой слободы Александром Семеновичем Брусняковым. Им же был перекрыт другим колером и фон иконостаса и поновлена его резьба. В 1884 году иконостас главного алтаря весь заново вызолочен червонным золотом вместе с резьбой, а иконостас придела великомученика Димитрия Солунского также капитально отремонтирован и выкрашен с очисткой и позолотой резьбы. При этом поновлены иконы обеих иконостасов с позолотою фона.
В 1884 году усердием и средствами церковного старосты крестьянина Алексея Синицина были поновлены обе церкви и устроена новая церковная ограда с угловыми башнями, отмеченными печатью романтизма. Прежде вокруг кладбища и церквей находилась ограда с деревянным палисадником на кирпичных столбах.
Церковной земли при церквях села Арефино значилось 36 десятин, из которых 33 десятины были заняты пашней и покосом, и вся она была обозначена на общем плане крестьянских дач вотчины помещиков Мамоновых. Качество земель члены причта оценивали как весьма скудное, но более всего беспокоило отсутствие леса, из-за чего дрова приходилось покупать или заготовлять с помощью коллективных «помочей», «которые по расходам почти равнялись их покупке». Ежегодно по селениям прихода, которые располагались на расстоянии до 10 верст от церкви, собиралась новь в виде ржи и овса, в количестве 10-15 четвертей.
В 1863 году в арефинском сельском правлении под надзором волостного старшины была открыта школа, где обучались дети крестьян, вышедших из крепостной зависимости графа Мамонова. На средства крестьян и содержалась школа, в которой обучали чтению, письму, закону Божию и отчасти арифметике. Для жительства причта были выстроены два церковных дома, где проживали священники, а у диакона и псаломщиков дома имелись собственные.
Расположенный около главной торговой площади крупного села, архитектурный ансамбль церквей включал не только культовые постройки, но и часть зданий, отдаваемых по приговору крестьянского общества в наем с передачей дохода в пользу церкви. Среди них были деревянные торговые лавки на площади у церковной ограды, две каменные кузницы на окраине церковной земли и особая «красильная изба» для покраски тканей.
В советское время новой властью были изъяты 11 920 рублей церковного и причтового капитала, национализированы церковные дома и изъяты церковные ценности общим весом более 12 килограммов серебра. Церковь Рождества Христова была закрыта в 1930-е годы, а зимняя Ильинская церковь — в 1941 году. В последующие годы арефинские храмы, несмотря на просьбы общественности, не сохранили церковную ограду, утратили колокольню и долгие годы использовались для нужд детского интерната под столовую и спортивный зал.
В 1996 году церкви были переданы религиозной общине и началось их постепенное восстановление силами местного населения и средствами благотворителей.
http://rybeparhia.ru/monasteries/rybinskoe-blagochinie%20r/khramovyy-kompleks-tserkvi-rozhdestva-khristova-i-ilii-proroka-s-arefino.html
