В селе Пены Беловского района Курской области к концу 19-го века действовали две большие церкви, что для такого небольшого села было необычно. Одна из них – Богоявленская - была построена в 1878 году. Это было каменное добротное здание, с виду ничем особым не примечательное и не отличающееся от типовых культовых построек. Приход был небольшим, тем более, что недалеко была построена церковь Вознесения Господня и верующие делились на две части.

Как и большинство церквей, в 30-е годы прошлого столетия храм закрыли. Иконы пытались уничтожить, священников сослали. Во время Великой Отечественной войны церковь открыли, и оказалось, что местное население иконы спрятало, а потом принесло их в церковь. Богоявленскому храму, можно сказать, повезло. За ним велся надлежащий уход. Очень старались священники. Один из них был не просто батюшкой, а мастером на все руки. На звонницу он сам сделал решетки, а также смастерил центральный иконостас, который сохранился до сих пор.

В 1990-е годы в церкви был сделан капитальный ремонт, облагорожена и обустроена прилегающая к ней территория. В 2008 году Богоявленская церковь села Пены отметила свое 130-летие.