22 июля 1761 г. Тобольским митрополитом Павлом был освящен и подписан на голубом атласе антиминс для престола храма во имя Преображения Господня. То ли по причине волнений приписных крестьян, то ли по великой скудости крестьянской строительство храма отодвинулось. В 1765 г. 27 июня по грамоте того же митрополита Павла в с. Батурино была заложена деревянная церковь. Строителем храма и первым устроителем Батуринского прихода стал Василий Тимофеевич Капустин (1732-1808 гг.) основатель священнического рода Капустиных. В конце 1793 г. настоятелем стал о.Леонтий (Леонтий Васильевич Капустин) сын о.Василия. В 1765 г. к церкви Преображения Господня пристроили придел во имя Божией Матери Казанской. Антиминс для престола этого храма освящен и подписан 4 июля 1794 г. архиепископом Тобольским Варлаамом. Придел освящен 29 ноября 1794 г.
В 1801 г. вышел указ о строительстве каменной церкви. 1 июня 1816 г. о.Леонтий заложил новую каменную церковь с колокольней. Строилась церковь “тщанием прихожан и доброхотных дателей” уже сыном о.Леонтия Иоанном, который заступил на место отца в 1818 г. 22 октября 1819 г. был освящен престол в нижнем теплом храме во имя Казанской Божией Матери и верхнем холодном – Преображения Господа нашего Иисуса Христа. Деятельность о.Леонтия, как благочинного иерея была отмечена многими наградами. В 1835 г. церковь была закончена. В недострое оставались штукатурные и деревянные работы. В 1856 г. настоятелем становится сын о.Иоанна Николай. К 100-летию непрерывного священствования рода Капустиных братом о.Иоанна эпископом Ионой (Екатеринбургским) Преображенскому храму был подарен колокол весом 250 пудов. В 1865 г. о.Антонин (Андрей Иванович Капустин) пожертвовал Батуринскому храму топазовый, в серебряной оправе напрестольный крест, украшенный разными драгоценными камнями. У подножия распятия вложена частица Животворящего древа креста. В 1865 г. смерть постигла о.Иоанна и сына его о.Николая. Служить стал о.Александр (Александр Иванович Капустин). На нем и закончилась более чем столетняя священническая линия Капустиных в с.Батурино. С 1868 по 1871 гг. настоятелем был о.Сергий (Сергей Григорьевич Троицкий). С 1871 по 1883 гг. о.Николай (Николай Иванович Щапков). С 1883 по 1905 гг. о.Дмитрий (Дмитрий Иванович Носиков). С 1905 по 1906 гг. о.Василий (Василий Дмитриевич Батурин). С 1906 по 1918 г.г. о.Варсанофий (Варсанофий Стефанович Пономарев). С 1918 по 1929 гг. о.Симеон (Симеон Иванович Пальмов).
В 1922 г. из Батуринской церкви (по декрету ВЦИК) были изъяты богослужебные предметы в количестве 142 штуки включая топазовый напрестольный крест в серебряной оправе с дарственной надписью. 15 апреля 1931 г. президиум Батуринского поселкового совета постановил: церковь изъять и использовать для культурных целей. В советский период храм использовался попеременно под банк, дизельную станцию, которая находилась в алтаре придела Казанской Божией Матери, типографию, училище, машинно-тракторную станцию, а во время войны колокольня стала парашутной вышкой. Перед началом войны молния ударила в крест на колокольне, после чего долгое время горел деревянный шпиль.
В 1995 г. храм был передан верующим для восстановления Батуринским с/советом. Здание находилось в плачевном состоянии. Все, что не смогли украсть, то сожгли (лестницу в верхний придел, полы в приделе Преображения Господня, проломили проем для въезда тракторов ). Усилиями в основном верующих женщин к 1999 г. Придел Казанской Божией Матери был приведен в относительный порядок. 29 июня 1999 г. Преосвященный Михаил, епископ Курганский и Шадринский, издал указ о первом священнике для храма. 19 августа 1999 г. состоялась первая служба. Ее провел иеромонах Ексокустодиян (Норов Игорь Борисович). 1 июля 2001 г. Указом по епархии в храм настоятелем был назначен о.Сергий (Сергей Львович Кривых), который служит и поныне. Начинать пришлось с нуля: на окнах пленка, нет крыши на главном куполе и между куполом и колокольней, и элементарных условий жизни священника и его семьи. За эти годы храм постепенно восстанавливается. Службы начали проходить в тепле, восстановлены лестницы в верхний придел и на колокольню, заделаны проломы и восстановлен шпиль и крест на колокольне. В настоящее время начаты работы по восстановлению придела Преображения Господня. Святыни храма: частицы мощей преподобномучениц Елизаветы и Варвары (были благословлены в 2007 г. игуменьей Горненского монастыря в Иерусалиме Елисаветой).