«1891 г. месяца мая 19 дня была закладка нового каменного храма во имя Александра Невского на Сенной площади. Закладал преосвященный владыко Иустин» – такая запись сделана в семейной хронике, составленной жителем г. Обояни Скуратовым Иваном Михайловичем. Эти данные подтверждаются и в документе Обоянской городской управы, составленном в 1902 г. В нем сообщается, что, теперь уже на Александро-Невской площади, находится не оконченный постройкой собор, заложенный на пожертвования жителей г. Обояни в память чудесного избавления царской семьи от грозившей опасности при крушении поезда.
Строительство храма шло долго. В 1902 г. были возведены лишь стены храма, колокольня не достроена, наружная сторона отделана вчерне, внутренняя не отделана. Очевидно, возведение здания было завершено в 1906 г., о чем свидетельствует клировая ведомость церкви, составленная в 1923 г., но иконостаса не было еще в 1914 г., когда объявили сбор пожертвований на его сооружение. Пожертвования на его обустройство поступали и раньше. В 1903 г. вдова надворного советника Яковлева Анна Павловна завещала Александро-Невской церкви образ Николая Угодника в ризе и 500 руб. на вечный вклад для ежегодного пользования процентами с него причтом и церковью в равных долях и на поминовение Николая и Анны. Александро-Невская церковь была приписной к Троицкой соборной церкви г. Обояни. 26 июня 1917 г. жители г. Обояни подали прошение епископу Курскому и Обоянскому Феофану об открытии самостоятельного прихода при Александро-Невском храме. Горожане дали обещание в эту же осень устроить в храме печи и ежемесячно в течение 4 месяцев со дня открытия прихода давать 76 руб. на содержание причта. 3 октября 1917 г. последовал приказ Курской духовной консистории об открытии самостоятельного прихода. Священником был избран Иоанн Попов, служивший до этого в церкви с. Спасского Обоянского уезда.
В договоре между гражданами г. Обояни и Обоянским волисполкомом от 20 ноября 1924 г. о передаче здания в пользование верующих, заключенном согласно декрету СНК РСФСР от 23 января 1918 г., имеется описание: храм каменный без колокольни 55 × 30 аршин, имеет три голландских печи. Престол во имя Благоверного князя Александра Невского. Иконостас на горнем месте деревянный с резьбой, в нем иконы без риз: Спасителя, Божией Матери, Иоанна Крестителя. Иконостас Главного алтаря деревянный четырехъярусный с резьбой, позолоченный, увенчанный пятью деревянными крестами. Царские врата деревянные, позолоченные, с резьбой. В южном алтаре престол во имя Дмитрия Солунского, в нем иконостас деревянный с резьбой, трехъярусный. В северном алтаре престол во имя священномученика Василия Агкирского, иконостас в нем деревянный с резьбой, трехъярусный.
Во время кампании по изъятию церковных ценностей в 1922 г. из храма забрали серебряные священные сосуды, кресты, крышки с евангелия, ризы с чтимой иконы Знамение Божией Матери. В заявлении прихожан по этому поводу говорилось, что изъятие именно этих вещей «нарушило и без того скудное, старанием ремесленников устроенное благолепие нашего храма и лишило его весьма необходимых вещей». Всего из храма было изъято 20 предметов общим весом 27 фунтов.
В 1930-х г.г. храм был закрыт и долгое время использовался под склад Заготзерно. В 1956 г. при обследовании здания храма Александра Невского в числе недействующих церквей отмечалось, что главный купол его наполовину разобран, кресты сохранились только на 2 малых главах, колокольня разобрана до верхнего уровня здания, железная кровля ветхая, водостоки отсутствуют, боковые входы заложены кирпичом, окна вверху без стекол, большинство нижних окон заложены кирпичом, вход по фасаду разрушен. В 1962 г. было сделано предложение использовать здание после реконструкции под Дворец культуры. Это было осуществлено, но очень нескоро, лишь в канун 1985 г., когда в отремонтированном здании собора открылся молодежный спортивный клуб «Факел».
В начале сентября 1991 г. в Курск из Елоховского Патриаршего собора Москвы была доставлена гробница с мощами Святителя Иоасафа, епископа Белгородского и Обоянского (1748–1754). Из Курска мощи Святителя перенесены в Белгород, где они должны обрести вечный покой. 16 сентября крестный ход с гробницей прошел через город Обоянь. Процессия останавливалась в соборе Александра Невского.
Документы храма в Государственном архиве Курской области: клировая ведомость за 1923 г.; метрические книги не сохранились.
В 1998 году храм поставлен на охрану как памятник культовой архитектуры регионального значения.
Храмы города Обояни
