Село Холмы в 1584 г. – сельцо Московского уезда, в вотчине за Дмитрием Борисовичем Салтыковым и Григорием Александровичем Скворцовым. В 1606 г. Лаврентий Салтыков половину сельца Холмы отдал в приданое за сестрою своею князю Андрею Тюменскому; в 1624 г. Тюменский свою половину продал князю Ивану Федоровичу Шеховскому, а другая половина того сельца в начале XVII ст. принадлежала Григорию Юдину, в 1623 г. состояла «в порозших землях», без крестьянских дворов.
В конце первой половины XVII ст. в сельце Холмах, вновь поселенном крестьянами, была построена деревянная церковь во имя Знамения Пресвятой Богородицы с приделами. В записной книге Патриаршего Казенного Приказа печатных пошлин с благословенных грамот о строении церквей за 1643 г. написано: «ноября в день запечатана благословенная грамота в Московском уезде в сельцо Холмы, по челобитью князя Ивана Федоровича Шеховского на три престола: Знамения Пресвятой Богородицы, Алексея митрополита да Дмитрия Солунского; пошлин 10 алтын взято». По переписным книгам Московского уезда за 1646 г. «в селе Холмах церковь Пресвятой Богородицы Знамения, у церкви во дворе поп Данило, крестьян 8 дворов, да в деревне Молчанове 4 двора, а всего 12 дворов, в них 37 человек».
По книгам 1657 г. старосты поповского Радонежской, Селецкой и Загородской десятин Воздвиженского попа Федора вновь обложена данью церковь Знамения Пресвятой Богородицы в вотчине князя Ивана Шеховского села Холмы; дани 3 алтына, 2 деньги, заезда гривна; платил староста поповский поп Федор». В приходных книгах Патриаршего Казенного Приказа за 1658 – 1740 гг. Знаменская церковь писалась под Загородней десятиною.
Вотчина князя И. Ф. Шеховского после его смерти досталась его сыну князю Юрию Ивановичу; в 1668 г. – перешла к его родной сестре Аксинье Ивановне, жене Никиты Ивановича Головина, в 1678 г. - к их детям Дмитрию и Якову. В 1678 г. в селе Холмах значится двор вотчинников, 3 двора задворных и 10 дворов крестьянских, в них всего 48 чел.
В 1690 – 1709 гг. этим имением владел Д. Н. Головин по разделу с родным братом Яковом. В приходной книге Патриаршего Казенного Приказа за 1692 г. под статьею Знаменской церкви отмечено: «в 1697 г. прибавлено дани с церковной земли с 15 четьи в поле, с сенных покосов с 15 копен 12 алтын 2 деньги, обоего с прежней данью 15 алтын 5 денег, заезда гривна».
Церковь Знамения Пресвятой Богородицы, вероятно, по случаю ветхости, в 1697 г. построена новая. Это видно из того, что 17 ноября того же года дан антиминс по благословенной грамоте к освящению церкви Знамения Пресвятой Богородицы Московского уезда Горетова стана в селе Холмах; «взял антиминс крестовой поп Никита Иванов и росписался».
В Патриаршем Казенном Приказе производилось дело об исправлении ветхостей в Знаменской церкви. Дело началось по прошению Дмитрия Никитича Головина, поданному в Казенный Приказ в мае 1703 г. В прошении Д. Н. Головин писал: «вотчина у меня в Московском уезде, село Знаменское, Холм тож, и в прошлых годах тому пятый год в том селе построена церковь Божия во имя Знамения Пресвятой Богородицы с приделом, и в той церкви Божией в исподнем подполе переводины огнили и пол в церкви погнулся, и деисусы опустились, и в алтаре престол покривился, чтобы указом повелено: подпол в церкви Божией и деисусы переправить и престол попремить и отот дать указ».
Вследствие сего прошения в Казенном Приказе на справку выписано: «в приходных книгах жилых данных церквей 1703 г. Московского уезда в Загородской десятине написано: церковь Знамения Богородицы в вотчине Дмитрия Головина, в селе Холмов, дани 15 алтын, заезда гривна и те деньги плачены. Прибыла та церковь и данью обложена в 1657 г. по книгам старосты поповского Воздвиженского попа Федора и в 1697 г. к той церкви, по памяти из Поместного Приказа за приписью дьяка Алексея Волкова, справлено церковной земли пашни 15 чети в поле, сена 15 копен». По этому делу состоялась резолюция: «дать благословенную грамоту церковь починить». Отмечено: «дана».
В селе Холмах в 1704 г. числилось при дворах вотчинникове, скотном и конюшенном 10 чел., в 13 дворах крестьянских 68 чел. После Д. Н. Головина это имение в 1710 г. досталось его дочери Марье, жене князя М. М. Голицына. В 1738 г. принадлежало графу Н. Ф. Головину с князем М. М. Голицыным с находившеюся при селе каменною церковью во имя Знамения Пресвятой Богородицы с приделом св. Димитрия. Часть имения Н. Ф. Головина в 1757 г. после него досталась его дочери Наталье Николаевне, жене принца Петра Федоровича фон Гольштейн Бека, с Василием и Иваном Сергеевичами Головиными. В 1760 г. князь М. М. Голицын свою часть в селе Холмах отдал сыну князю Дмитрию Михайловичу; ему же продали свои части того села в 1768 г. Василий и Иван Головины и княгиня Екатерина Петровна, урожденная фон Гольштейн Бек. В 1772 г. владел селом родной брат князя Д. М. Голицына Петр Михайлович; в 1785 г. – сын последнего князь Михаил Петрович Голицын.
Холмогоров В. И., Холмогоров Г. И. «Исторические материалы для составления церковных летописей Московской епархии». Выпуск 3, Загородская десятина. 1881 г.
