Церковь совместно с братским корпусом, построены в конце XVII-начале XVIII вв. Миниатюрный храм был освящен во имя Алексия Человека Божия. В 1794 г. пришедшие в ветхость корпус и церковь возобновлены на средства полковницы Н.И.Киселевой. Тогда же храм заново освящен во имя Святой Мученицы Софии и ее дочерей Веры, Надежды, Любви. Восстановлен в 1992-1994 гг.

Из книги Е.В.Липаков, Е.В.Афонина, Е.Б.Долгов, Г.И.Середа, И.В.Якимов. "Республика Татарстан: Православные памятники(середина XVI-начало XX веков)" Казань,изд."Фест"-1998

На северо-восточной стороне монастырской ограды над прежними кельями находится одна из самых маленьких в мире церквей, вмещающих всего семь человек. Летописи сообщают, что поначалу, престол был освящен во имя Алексея Божьего человека, однако, после пожара, приключившегося от ударившей в купол молнии, вновь отстроенную церковь освятили во имя Страшного Суда (название в церковной практике крайне редкое). Но вскоре, церковь вновь была поражена молнией, и тогда отстроенная на средства одной благочестивой женщины Надежды, церковь была освящена - в третий раз и теперь уже окончательно - в честь святой мученицы Софии и трех ее дочерей Веры, Надежды, Любови.
Из брошюры: А.Журавский "Казанская церковь в эпоху гонений" изд-во "Заря-Тан" Казань-1994