Первое упоминание о церкви в летописных документах относится к 7 мая 1561 года – Грамота Ростовского архиепископа Никандра на Устюг Соборному протопопу Феодосию и поповским старостам и десятским об учинении допросов и обыска относительно кумовства попа Никифора со своею попадьею при крещении трех младенцев. Из данного документа видно, что в Вондокурье тогда стояла деревянная церковь во имя Воскресения Христова, а настоятелем данного храма был поп Семен. Также в грамоте упоминается Васильевская церковь с попом Петром.
В клировой ведомости вондокурской Троицкой церкви Устюжского уезда за 1913 год говорится, что деревянная церковь была построена на средства именитых господ Строгановых, впоследствии она сгорела, а когда именно – неизвестно. Вместо деревянной церкви в 1795 году началось возведение каменного храма во имя Пресвятой Троицы. Продолжалось оно 11 лет, а полностью строительные работы закончились в 1871 году. С 16 сентября 1909 го-да настоятелем Троицкой церкви был Яков Васильевич Малиновский, 1861 года рождения, сын священника. Его дочь Серафима Яковлевна Малиновская закончила Устюгское епархиальное училище и с 1913 года преподавала в церковно-приходской школе в Вондокурье. С 9 марта 1908 года диаконом Троицкой церкви являлся Николай Павлович Манаков, 1855 года рождения. Псаломщик с 7 января 1912 года – Василий Александрович Попов, 1872 года рождения. Старостой Троицкого храма с 1869 по 1881 и с 1894 по 1913 годы был Николай Семенович Большаков, 1842 года рождения.
В 1904 году проводились ремонтные работы по восстановлению свода и иконостаса храма. С 1910 года, согласно клировой ведомости, членом попечительского совета при Троицкой церкви был Матвей Низовцев. В июне 1914 года, при священнике Якове Малиновском, живописцем Иваном Калиновским благодаря тщанию Матвея Низовцева и Николая Большакова выполнена роспись Троицкой церкви. Надпись сохранилась до наших дней внутри Троицкого храма, на южной стороне.
Александр Хрусталёв "Вечерний Котлас", 22.06.2007