Храм Святых Двенадцати Апостолов - один из самых древних православных храмов Крыма, является уникальным памятником архитектуры ХVIII века. Аналогов в Крыму ему нет. Храм крестовокупольный, четырёхстолпный. Здание возведено из бутового мраморовидного известняка. Вход украшает портик тосканского ордера с треугольным фронтоном из инкерманского камня.
Согласно традиционной версии, эту православную церковь построил один из первых консулов Чембало по имени Симон дель Орто. Об этом свидетельствует надпись на камне "1357, в день сентября, начата эта постройка во время управления скромного мужа Симоно дель Орто, консула и кастелянина", найденном в 1861 году в стене здания. Многие исследователи считают, что плита была использована вторично. Камень этот хранится ныне в фондах национального заповедника "Херсонес Таврический". Он уцелел случайно, так как во время оккупации Балаклавы в 1854-1856 гг. итальянский командующий Альфонс де Ла-Мармора вывез из Балаклавы все генуэзские надписи, сообщавшие о времени строительства и реконструкции башен крепости Чембало. Надпись Симона дель Орто спасло то, что она была покрыта толстым слоем набела.
Истории создания церкви касается епископ Таврический Гермоген (Добронравин) в книге "Таврическая епархия", изданной в 1887 году: "Еще в 1375 году в Балаклаве была построена церковь во имя Двенадцати апостолов. Настоящая же каменная церковь построена в 1794 году, но в Крымскую войну была повреждена неприятелем и потом возобновлена прихожанами и освящена 8 июля 1875 года во имя святого Николая Чудотворца". Впервые храм был заброшен в 1772 году, когда Балаклава обезлюдела. При турках церковь была действующей, так как "70 домов греческих неверных" здесь было и в то время.
Переселенцы с островов Эгейского архипелага отстроили храм, отчасти его реконструировав в 1794 году. К традиционному византийскому крестово-купольному храму пристроили колоннаду тосканского ордера, характерную для русского классицизма конца ХVIII века. Накануне Крымской войны началась его вторая реконструкция, однако её закончить не успели, т.к. английские войска, занявшие Балаклаву, выгнали из города всё местное население. После присоединения Крыма к России (1783), здесь находилось поселение Греческого батальона до 1859 года, поступившего на службу в русскую армию. Кроме того, в русский период в Балаклаву увеличился приток и расселение русских, в следствии чего, в городе образовалась новая община верующих. Церковь состояла в ведении главного священника армии и флотов. В храме хранились знамёна и другие реликвии Балаклавского греческого батальона. Когда в 1859 году упразднили Греческий батальон, храм передали в епархиальное ведомство. В 1875 году восстановленный храм освятили во имя покровителя моряков - Николая Чудотворца.
После революции 1917 года и установления Советской власти, храм Двенадцати апостолов в Балаклаве, как и многие другие храмы Крыма, был закрыт. Во время Великой Отечественной войны в храме вновь совершались богослужения. В послевоенное время храм Двенадцати апостолов снова был закрыт и в здании церкви располагался Дом пионеров, а потом клуб и ОСОАВИАХИМ. Восстановление храма началось в 1990 году по проекту архитектора Ю. Лосицкого. Неустанными трудами архимандрита Августина (тогда ещё протоиерея Александра) и прихожан храм восстанавливался. Пока шло восстановление церкви - службы проводились в небольшом помещении во дворе, вмещающем около 30 человек.
13 июля 1990 года ещё в полуразрушенном храме впервые за многие годы была проведена служба и освящён престол храма во имя Святых Двенадцати Апостолов. После долгого перерыва под сводами храма в этот день зазвучали слова молитвы. Ныне он является подворьем Инкерманского Свято-Климентовского монастыря. Внутреннее убранство балаклавской церкви очень простое и строгое - в соответствии с поздневизантийскими традициями. Но в этой простоте - подлинная красота старинного храма с такой удивительной и долгой судьбой.
Из буклета: "Балаклава. Храм Святых 12 Апостолов"