Предание относит возникновение мужской обители «у Воробьевых круч, в Пленницах» к XIII в., но ранние документальные свидетельства о ней относятся лишь к середине XVI в. До конца XVI века обитель называлась Преображенской пустынью. Чудесное избавление Москвы от нашествия крымского хана Казы-Гирея в 1591 г., происшедшее в день памяти мученика Андрея Стратилата, сподвигло москвичей построить в обители сначала деревянный, а затем в 1675 г. - каменный надвратный храм во имя мученика Андрея Стратилата. С того времени монастырь стал называться Андреевским. Одним из жертвователей при строительстве надвратного храма был Патриарх Московский и всея Руси Иоаким. Фасады храма украшают полихромные изразцы, впервые примененные в убранстве московских церквей мастером Степаном Ивановым.
Нынешний храм Воскресения, что в Пленницах, был построен на месте прежнего (1648 года) храма, также Воскресенского, в 1689 г., но освящен был митрополитом Рязанским и Муромским Стефаном (Яворским) лишь в 1703 г. В подклете храма находился придел великомученика Феодора Стратилата над склепом, в котором по преданию был погребен Ф.М. Ртищев. К северу от Воскресенского храма был расположен храм Покрова Пресвятой Богородицы, по некоторым сведениям построенный в 1701 г. Впоследствии он был разобран, а на его месте был сооружен корпус Богаделен, примыкающий к Воскресенскому храму.
Колокольня монастыря сооружена на средства графа С.Б. Шереметьева в 1748 г. Первоначально храм в ее нижнем ярусе был освящен во имя Архистратига Божия Михаила, но после перестройки в 1848 г. святителем Филаретом, митрополитом Московским, был освящен во имя Апостола Иоанна Богослова.
Особый расцвет Андреевской обители связан с основанием в ее стенах боярином Федором Михайловичем Ртищевым (+1673) ученого братства. Приехавшие в 1648 г. в Москву по инициативе Федора Ртищева ученые киевские монахи разместились в стенах монастыря. Среди них были такие известные ревнители духовного просвещения, как иеромонахи Епифаний (Славинецкий), Арсений (Сатановский), Дамаскин (Птицкий) и Феодосий (Сафанович). Ртищевское братство стало основой для созданной впоследствии Славяно-греко-латинской академии, первого по времени возникновения высшего учебного заведения в Москве. В XVII в. Андреевский монастырь имел в собственности земли, мельницы, рыбные ловли и прочую недвижимость. Среди приписанных к нему обителей числился и московский Донской монастырь.
В 1648-1654 г.г. под руководством зодчего Григория Копыла был сооружен комплекс монастырских зданий. Строительные работы финансировались из царской казны. Во второй половине XVII века монастырь числился ружным, то есть состоял на хлебном и денежном окладе государевой казны. Однако уже в 1682 г. обитель была приписана к Заиконоспасскому московскому монастырю в Китай-городе, возможно, потому, что часть ученой андреевской братии переселилась туда.
Впервые монастырь был упразднен в 1724 г. Тогда в его храмы был назначен причт из белого духовенства, а в его стенах учреждена школа для подкидышей – «зазорных» детей и помещение для «колодников».
При императрице Анне Иоанновне в 1730 г. монастырь был возобновлен, школа же и тюрьма ликвидированы. В 1762 г. Святейший Синод назначил Андреевский монастырь временным местом для содержания умалишенных.
Окончательно монастырь был обращен в приходской храм, так как «оный оказался к собственному содержанию безнадежен», в 1764 г. Этот год указывает П.М. Строев как дату упразднения обители, хотя определение Московской духовной консистории об этом митрополит Московский и Калужский Тимофей (Щербацкий) утвердил лишь в январе 1765 г.
Во время моровой язвы, бывшей в Москве в 1771 г., на территории монастыря устраивается кладбище для родовитых горожан и насельников московских монастырей. Позднее, уже в XIX веке, окончательно сформировался некрополь Андреевского монастыря. Среди погребенных в нем Плещеевы, Щербатовы, Шереметевы. По указу императрицы Екатерины II в 1775 г. в обители размещается работный дом для «ленивец» женского пола.
Официально в гражданских и церковных документах обитель после ее окончательного упразднения в XVIII в. именовалась: Бывший Андреевский монастырь (в смысле – упраздненный).
В 1803 г. по просьбе Московского купеческого общества при «всемилостивейшем соизволении» императора Александра I монастырь был передан под устроение «Богадельного дома» для лиц обоего пола, а с 1805 г. по проекту архитектора Ф.К. Соколова на средства московского купечества на месте ветхих монастырских стен возводятся корпуса богадельни. Число призреваемых в ней со 150 человек в 1805 г. увеличилось до 956 в 1906 г. Поздний по времени юго-западный корпус богадельни был построен по проекту архитектора Московского купеческого общества А.С. Каминского в 1878 г. В храмах обители, находившихся в ведении богадельни, служил причт из белого духовенства, окормлявший не только призреваемых в ней, но и жителей ближайших московских слобод – Андреевской и Живодерной.
До 1917 г. при храме Воскресения существовала церковно-приходская школа, открытая в 1900 г. по инициативе настоятеля священника Николая Молчанова. В 1918 г. богадельня прекратила существование, так как в корпусах бывшей обители были размещены дома-коммуны 1-й Московской фабрики Гознак. В 1923 г. по представлению Замоскворецкого райсовета города Москвы храм мученика Андрея Стратилата был закрыт и передан рабочим Гознака под школу, которая так и не была открыта. В 1925 г. «по просьбе трудящихся» Моссовет передал рабочим храм Воскресения для устройства в нем клуба. В храме апостола Иоанна Богослова богослужения совершались до конца 1930-х г.г.
Некрополь обители в основном был уничтожен в 20-40-е годы XX в. До настоящего времени сохранились лишь три погребальные плиты (XVIII век), вмурованные в цоколь алтарной апсиды храма Воскресения.
В 1964 г. в соответствии с решением Совета Министров СССР московские власти передали комплекс строений бывшего Андреевского монастыря Комитету стандартов, мер и измерительных приборов СССР для размещения Московской государственной контрольной лаборатории по измерительной технике, преобразованной впоследствии во Всесоюзный НИИ метрологической службы Госстандарта СССР. С 1967 по 1971 г.г., в соответствии с разработанным архитектором Г.К. Игнатьевым проектом-приспособлением под нужды ВНИИМС, в комплексе Андреевского монастыря велись реставрационные работы.
Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 14 августа 1991 г. было открыто Патриаршее подворье в бывшем Андреевском монастыре с храмами Воскресения Христова в Пленницах, Апостола евангелиста Иоанна Богослова (Архангела Михаила) и мученика Андрея Стратилата. С 8 марта 1992 г. были возобновлены богослужения в Воскресенском храме обители, а его освящение иерейским чином было совершено 22 апреля 1992 г.
Постановлением Правительства Москвы № 1004 от 17 декабря 1996 г. комплекс строений Андреевского монастыря был передан в безвозмездное бессрочное пользование Русской Православной Церкви. Определением Священного Синода от 16 июля 2013 г. (журнал № 90) под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Патриаршее подворье преобразовано в Андреевский ставропигиальный мужской монастырь города Москвы. Наместником Андреевского монастыря назначен Преосвященный епископ Дмитровский Феофилакт, викарий Святейшего Патриарха Московского и всея Руси, управляющий Юго-Западным викариатством г. Москвы.
Храмы и здания обители: храм Воскресения Христова в Пленницах, 1689 г.; колокольня с храмом Апостола Иоанна Богослова, 1748 г. (перестроена в 1848 г.); надвратный храм мученика Андрея Стратилата, 1675 г.; корпуса, построенные по периметру обители и являющиеся в то же время оградой, 1805-1878 г.г.
http://www.fedmp.ru