Александро-Афонский мужской монастырь был расположен на правом берегу реки Большой Зеленчук, в среднем ее течении, близ пос. Нижний Архыз. В X-XVI вв. эта территория принадлежала Аланской епархии, в 1590 г. вошла в состав Астраханской, затем Донской, Кавказской епархий Русской Православной Церкви, с 1885 г.- Ставропольской епархии Русской Православной Церкви. Александро-Афонский Зеленчукский монастырь основан на месте бывшей столицы Западной Алании (X-XIII вв.) - резиденции Аланских митрополитов (X-XI вв.) по инициативе иеромонаха Серафима (Титова), настоятеля Благовещенской кельи афонского Хиландарского монанстыря с 11 иноками, прибывшими с Афона в 1886/87 г. с целью восстановления христианства среди мусульман. Монастырь учрежден по уставу монастырей священной горы Афон указом Святейшего Синода от 18 окт. 1889 г. с наименованием Свято-Александро-Афонская Зеленчукская общежительная пустынь.
Открытие монастыря состоялось 12 ноября 1889 г. освящением епископом Ставропольским Владимиром (Петровым) главного («среднего») храма обители во имя св. кн. Александра Невского. Игумен Серафим стал первым настоятелем и строителем монастыря (1887-1903). В те дни в обитель прибыла копия с чудотворной иконы Божией Матери Гребневской, считавшейся покровительницей гор. Писал образ московский художник Дмитрий Струков, много сделавший для сохранения фресок древних храмов Кавказа и их внешнего вида. В свое время Гребневскую икону казаки города Гребнева преподнесли Дмитрию Донскому, возвращавшемуся с победой после сражения на Куликовом поле. Несмотря на начавшиеся снежные бураны, экипаж с епископом Владимиром благополучно после трех дней пути и переправы вброд через бурный Зеленчук прибыл в обитель. Несколько отставшие певчие и дьяконы с ризницей прибыли только на следующий день, поэтому вечернее богослужение владыка совершал с местным духовенством. Утром, за литургией о. Серафим был возведен в сан игумена - первого игумена Александро-Афонской Зеленчукской пустыни. Архипастырь вручил ему также игуменский жезл, напутствуя своими наставлениями. Храм был полон молящимися паломниками, а богослужение сопровождалось протяжным пением монахов с сохранением напевов, принятых на Афонской горе. Крестным ходом были освящены отстроенные здания храма и келий братии. На следующий день, прощаясь, владыка Владимир вынес из алтаря Иверскую икону Божией матери, благословив ею обитель.
Вокруг монастыря поселилось много отшельников. Они жили в сохранившихся и до наших дней более чем в 60 уединенных келиях-пещерах, искусно вписанных в ландшафт. В некоторых из них заметны остатки лежанки, печки. Титаническим трудом монахов к монастырю была проложена надежная, местами каменная дорога вдоль берега Зеленчука, в лесах возводились подпорные стенки и террасы. Монахи зарабатывали себе на жизнь тем, что резали из дерева посуду, плели корзины. Казаки носили им хлеб. Александро-Афонскому Зеленчукскому монастырю принадлежал Георгиевский скит на вершине г. Шоана в верховьях реки Кубани (близ аула Хумара и села Коста Хетагурово); в 1891-1894 гг. в нем были сооружены кельи, каменная ограда, проведена дорога. 22 апр. 1895 г. после реставрации освящен во имя Великомученика Георгия Победоносца Шоанинский храм XI века. С 1887 г. братия монастыря восстанавливала храм X в. на Сентинской г. в ущелье р. Теберда, который в 1893 г. был передан девичьей общине, основавшей там Спасо-Преображенский Сентинский жененский монастырь. Почитаемыми святынями Александро-Афонского Зеленчукского монастыря были Гребневская икона Божией Матери - список с чудотворной иконы, находившейся в Москве в церкви Успения Богоматери на Лубянке (дар анонимного благотворителя в память скончавшегося воина Симеона), а также частицы мощей Святого Георгия и мученицы Марины, принесенные с Афона иноками, основавшими монастырь. Последняя архивная запись о Зеленчукском монастыре относится к 1918 г.
Обитель еще существовала, молилась, трудилась. Монастырь, кроме всего прочего имущества, имел паровую гидравлическую маслобойню, паровые молотилки, 557 десятин земли, более 100 голов лошадей, подворья в Невинномысске, станицах Зеленчукской, Баталпашинской, под Гулькевичами. В 20 верстах от пустыни находился покровский скит. С начала основания монастыря под его покровительство были переданы также Сентинский и Шаонинский храмы, реставрация которых началась еще по благословению епископа Владимира. Закрытие монастыря в Зеленчукском ущелье и Георгиевского скита, как и повсюду в России, было отмечено кровопролитием и поруганием святынь. Были расстреляны три монаха. Иконы, сброшенные в кучу, не разрешалось брать под страхом смерти. Одну из них - икону Святой Троицы - тайно вынесла девочка Зоя, дочь репрессированного священника. Сейчас эта икона стоит на левом клиросе зеленчукского храма святых апостолов Петра и Павла. На территории монастыря по советской традиции в 30-е годы находилась колония для преступников, затем жили дети-сироты из блокадного Ленинграда. С 2000 года эта территория принадлежит Нижне-Архызскому историко-археологическому заповеднику. Заповедный режим не позволяет вести широко строительство, реставрацию, богослужения в древнехристианских святынях - византийских храмах, благоустраивать святые места, впитавшие капли пота и крови многих поколений людей, жаждавших покаяния, общения с Богом, трудов во славу православия и Отечества...
Среди развалин монастырских построек, сильно пострадавших также и в Великую Отечественную войну, растут крымские сосны, грецкие орехи, липы, плодоносят до сих пор более 50-ти яблонь, посаженных монахами, сохранились подземные ходы, порой в рост человека, ведущие к Зеленчуку. Следует отметить и то, что вся территория монастыря - почти сплошь монашеские захоронения. Только у Северного храма они идут в три яруса, и их более 300. «Южный» зеленчукский храм передан Ставропольской и Владикавказской епархии (ныне – Пятигорская и Черкесская епархия) Русской Православной Церкви и освящен во имя пророка Илии, в нем возобновлены богослужения. Этот храм, еще при постройке в Х веке, был посвящен святому пророку - Илии. Поэтому при последнем освящении в 1991 году было сохранено его древнее имя - Ильинский. Расположенный среди жилых кварталов Нижне-Архызского городища, Ильинский храм по сравнению с другими церквями, отличается скромными размерами: 20 на 25 греческих футов (1 греч. фут равен 30,8 см). Поэтому, скорее всего, он входил, в состав усадьбы богатой аланской семьи и был ее домовой церковью.
