«…На месте нынешней церкви стояла деревянная часовня, перенесенная на остров в 1691 году (часовня, построенная стрельцами вблизи монастыря в 1674-1676 годах). В ней лета 7200 (1691), сентября в 27 день.... поставлен крест Христов с распятием Господним светло украшен при архимандрите Фирсе с братиею Соловецкого монастыря, на поклонение всем православным христианом». Высота креста 4 м 25 см определялась размером часовни. В церкви, где крест был поставлен у южной стены на клиросе по правую сторону иконостаса, верхняя его перекладина подходила под самый потолок. Самый низ креста был украшен чешуйчатой резьбой (дубовые листья, окрашенные в красный цвет) и представлял собою как бы чашечку цветка, из которого процвело Древо Крестное. По темно-синему фону креста были разбросаны золотые и серебряные звезды, восьмиконечные и четвероконечные кресты, розетки и другие украшения. Распятие было резное, выполненное горельефом.
В 1701 году для часовни на Заяцком острове была написана икона апостола Андрея Первозванного с надписью: «Сии горы Киевские, на них же Первозванный апостол Христов Андрей восшедши, животворящий крест поставил и пророчески рекл, яко на сих горах возсияти имать благочестие и град велик быти. Якоже и бысть по пророчеству святаго. Писал сей св. храмовой образ апостола Христова Андрея иконописец Иулиан Иванов: 1701 год, августа 12 дня. А поправлен 1864 г., декабря 23 дня». Предполагалось, что эта небольшая церковь с иконостасом была срублена на материке и перевезена на остров в разобранном виде. Однако проведенные при реставрации исследования позволяют утверждать, что при устройстве церкви были использованы основные конструкции часовни". То есть, к часовне, построенной из круглых бревен, был прирублен пятигранный алтарь из бруса. В ранее глухой восточной стене часовни сделан проруб для входа в алтарь, сооружена солея и установлен иконостас.
Внешний облик церкви с 1702 года не сильно изменился. Остов ее имеет форму креста, в центре которого, над четвериком, водружен восьмигранный сруб, увенчанный не шатром, как обычно на севере, а круглой шейкой с луковичной главой. На главе высокий восьмиконечный крест, глава и шейка покрыты лемехом. Четверик срублен «в угол» с длинными зауголками, а алтарь рублен на пять граней в лапу». Стены церкви и алтаря сложены из толстых бревен, гладко обтесанных с внутренней стороны. Потолок в церкви настлан «в елочку», между пятью продольными брусьями. Крыльцо, кроме прямого своего назначения, играло еще роль звонницы: под крышей у лестницы были укреплены три маленьких колокола. Четвертый колокол, самый большой (полтора пуда), был снят и употреблялся в качестве сигнального. Он висел в 1927 году под особым навесом в виде гриба.
Первоначально церковь была окрашена: крыша зеленой краской, восьмерик белый с бледно-желтыми досчатыми зеркалами на каждой стороне, шейка главы белая, глава зеленая, а восьмиконечные кресты на церкви и на алтаре желтоватого цвета, обшивка церкви окрашена в желтый цвет. В окнах алтаря 1927 году еще сохранялись слюдяные оконницы.
Характерной особенностью этой церкви было наличие в прошлом небольшой закрытой галереи, окружавшей церковь и сохранявшей в ней тепло. Еще в ХІХ веке галерея и старинное крыльцо были утрачены, растесаны некоторые окна, не украшают церковь и следы поздней обшивки.
Этнограф. Н. Н. Виноградов отмечает, что Андреевская церковь усердно посещалась поморами, и икона святителя Николая Чудотворца (Николы Морского) вся была завешена их приношениями: умилостивительными и благодарственными привесками (иконки, крестики, картинки, четки).
Со времени возрождения монастыря богослужения здесь непременно совершаются 13 июля (н.с.) в праздник Собора 12 апостолов, в число которых входит и апостол Андрей. 13 декабря, в день памяти апостола Андрея обычно добраться до скита невозможно.
5 августа 2006 года участниками Соловецкой регаты на Большом Заяцком острове был установлен поклонный крест в честь столетия подводного флота и в память всех погибших подводников.
Осенью 2009 года бригадой плотников под руководством В. В. Сошина были завершены реставрационные работы в храме апостола Андрея Первозванного. В том же году и.о. скитоначальника был назначен игумен Симеон (Хисамутдинов), настоятель Кемского подворья Соловецкого монастыря. С тех пор он в летнее время регулярно совершает богослужения в Андреевском храме. В 2012 году в церкви был установлен резной иконостас…»
Из книги: Никона (Осипенко), монахиня. Соловецкая обитель: история и святыни: книга паломника / [Никона (Осипенко), монахиня]; Спасо-Преображен. Соловец. ставропиг. муж. монастырь. - Соловки: Издание Соловецкого монастыря, 2017, стр. 585-588.