Пятницкий храм был построен по инициативе первой супруги Великого князя Литовского Ольгерда витебской княжны Марии Ярославны. Этот храм был первым каменным христианским храмом в Вильно. В 1557 году во время большого пожара храм сгорел дотла. В 1560 году на месте сгоревшего храма был построен новый, который в 1610 году во время очередного городского пожара вновь погорел. Разрушенный пожаром храм восстанавливать не стали.
В таком печальном виде Пятницкий храм в 1611 году перешел в руки униатов. При царе Алексее Михайловиче храм вновь был возвращен Православной Церкви, но восстановлен только в 1698 году.
Пятницкий храм особенно знаменит тем, что в нем российский самодержец Петр Великий отслужил благодарственный молебен Господу за победу над шведским королем Карлом XII. В этом же храме Петр I крестил арапа Ганнибала, прадеда великого поэта России Александра Сергеевича Пушкина.
В 1748 году Пятницкий храм вновь сгорел почти до основания. Храм с большими трудами был восстановлен. Но в 1795 году его вновь захватили униаты. В 1839 году Уния в Литве прекратила свое существование. Вместе со всеми захваченными униатами святынями, Пятницкий храм был возвращен православным. В то время храм представлял собой весьма жалкое и ветхое строение без крыши. Храм был капитально реконструирован. Вскоре он был отдан под опеку военного ведомства.
Во время Второй Мировой войны в Пятницком храме сгорел интерьер. В 1945–1949 годах был сделан капитальный ремонт. В 1946 году в Пятницком приходе было зарегистрировано 100 прихожан. Советские городские власти в 1959 году задумали в Пятницком храме оборудовать музей атеизма. Этот проект безбожных властей не был осуществлен, но все равно в 1961 году храм был закрыт, а со следующего 1962 года в здании храма стал действовать художественный музей.
В 1990 году на основании законов независимой Литовской Республики Пятницкий храм был возвращен Виленской и Литовской епархии Русской Православной Церкви. 31 мая 1991 года архиепископ Хризостом совершил чин освящения храма, который стал приписным к Кафедральному Пречистенскому собору.
Информация с сайта Литовской епархии РПЦ