Первое упоминание о Свято-Богоявленском мужском монастыре относится к 1628-1629 гг. В выписке из писцовых книг этих годов упоминается о вотчине князей Ромодановских, на территории которой и располагался монастырь. "Погост Богоявленская слобода на реке Мстёра, два на погосте церковь Богоявления Господа и Бога Спаса нашего Иисуса Христа да другая церковь Ивана Милостивого... А у церкви в церковной земле келья черного попа Конона да келья другого крылошенника Арсения, да келья старца и оный двор попа Ефимия". В описной и раздельной книге за 1710 г. в Богоявленской слободе обозначено два монастыря: "Монастырь Богоявленский, в монастыре церковь каменная во имя Богоявления Господня. Другая церковь деревянная во имя Иоанна Предтечи. Другой монастырь девичий, а в нём церковь Иоанна Милостивого... Другая церковь во имя Филиппа Митрополита..." В доношении иеромонаха Иоасафа в Суздальский архирейский дом в 1717 г. сказано: "В Суздальском уезде... в вотчине князя Ромодановского в Богоявленской слободе, что на Мстёре два монастыря: мужской Богоявленский монастырь, ...да Ивановский девич монастырь, церковь Иоанна Милостивого деревянная и ограда деревянная..."
Богоявленская церковь к 1683 году обветшала, и князья Фёдор, Андрей и Михаил Григорьевичи Ромодановские били челом Иллариону, митрополиту Суздальскому, дозволить снова выстроить каменную церковь. В храмозданной грамоте, которая была ответом на челобитную, значилось: "Церковь спостроить, во имя Богоявления Господня на старом церковном месте" и давалось подробное описание, как должен выглядеть храм. Новый храм строился с 1683 по 1687 года, он же стал усыпальницей рода Ромодановских. "... в сей Богоявленской церкви погребены тела из фамилии Ромодановских, над коими поставлены каменные памятники числом 15, покрытые дорогими сукнами с нашитыми большими крестами среброгазовыми". (1844 год) По преданию, в трапезной части храма (у западных врат) был ход под самую церковь, где проходили поминальные службы. Князья Ромодановские делали в свой монастырь богатые вклады. Судьба многих из них, к сожалению не известна. Среди них были: "Евангелие 1644 года, печатное, обложено серебром и золотом с каменьями"; "потир серебрянный с позолотою"; "блюдо большое серебряное с позолотою" с изображением родового герба; два больших серебряных с позолотою кадила; подсвечник серебряный; дорогое церковное облачение; иконы древнего письма. В Богоявленском храме хранилась также "много древних бумаг". Отдельно от Богоявленского храма в северо-западной части расположена тёплая каменная церковь в честь Сретения Владимирской иконы Божией Матери.
Иссследователи-архитекторы относят время строительства церкви к ХVII веку. Однако первое упоминание о ней встречается лишь в 1734 году в донесении князьям Головкиным. С упразднением монастыря в 1764 году церковь становится приходской, оставаясь тёплой церковью Богоявленского храма. В память спасения жизни императора Александра III в Париже 7 июля 1869 года состоялась торжественная закладка придела в честь святого благоверного князя Александра Невского. Освящён придел в 1898 году. В ХIХ веке монастырь становится духовным и культурным центром для жителей посёлка. 1864 год - по инициативе И.А. Голышева было создано Богоявленское православное братство; 1870 год - вышел в свет иллюстрированный альбом "Древности Богоявленской церкви в слободе Мстёре", демонстрирующий внешний и внутренний вид храма, церковную утварь. В 1887 году была выстроена часовня в юго-западном углу монастырской ограды, которая в годы атеизма служила лавкой для продажи керосина. В 2001 году часовня была восстановлена и вновь освящена в честь св. блгв. вел. князя Александра Невского. Настенная роспись часовни, выполненная художником-реставратором В.А. Лебедевым, повествует о главных вехах жизни великого князя. Над воротами с западной стороны была устроена колокольня с высоким шпилем, на которой "... в ХIХ веке располагались 8 колоколов. Подле её боевые часы на ходу. По обе стороны врат стояли пушки с лежащими около них ядрами".
После Октябрьской революции Богоявленский храм и Владимирская церковь были закрыты. В 1923 году Свято-Богоявленский собор был превращён в музей церковной старины (позднее получил статус краеведческого). С колокольни сняты все колокола, закрыто было и кладбище. В 1929 году вскрыли гробницы Ромодановских. Владимирская церковь сначала служила подсобным помещением музея, а потом просто стояла закрытой; лишь в 1945 году по просьбе мстерян было возобновлено богослужение в тёплой церкви. Краеведческий музей, расположенный в главном храме, просуществовал до 1954 года, а после его закрытия ценные экспонаты были вывезены и пополнили фонды Владимиро-Суздальского музея-заповедника. С 1959 года в течение 40 лет Мстёрское сельпо использовало Богоявленский храм под склад для хранения муки. Всё это, а также случаи бесчинства подростков, нанесли большой ущерб памятнику. В 1989 году по решению Мстёрского поселкового совета погибающий монастырь возвращён епархии. Но ещё 10 долгих лет он стоял осквернённый и безлюдный. В Богоявленском соборе тогда располагалась свалка различного мусора, а разрушаемая ограда к тому времени стала потихоньку сползать к руслу реки Мстёра, оставшийся кирпич от которой постепенно скатывался вниз, в воду.
Весна 1999 года принесла перемены. Общественность Мстёры и руководители предприятий приложили усилия для спасения святыни. 24 сентября 1999 года архиепископ Владимиро-Суздальский Евлогий благословил его открытие. На сегодняшний день преобразованы в келии и отремонтированы внутренние помещения бывших торговых рядов в ограде, проведено отопление. Завершены восстановительные работы на колокольне. К Пасхе 2001 года на колокольню были подняты сорокопудовый колокол и 5 разноголосых поменьше, отлитые на Урале, на средства В.Е. Бычкова, в те годы финансирующего всё строительство в монастыре. В Богоявленском соборе перекрыты крыша, главки, застеклены окна, проведены штукатурные работы, отремонтирован и выложен плиткой пол, проведено отопление. Благоустроена монастырская территория.
Материал из буклета "Свято-Богоявленский мужской епархиальный монастырь"