Построена церковь в 1848 году на средства местных купцов с одной целью: стать оплотом господствующей церкви в старообрядческом посаде.
При Советской власти в 1920-е годы из церкви были изъяты драгоценные серебряные оклады с икон. В 1929 году был поднят налог за аренду церковной земли, что резко ударило по бюджету общины. В 1936 году судили Фому Улезко и Ивана Лебедева за кустарное производство свечей. Судья Ицков присудил им выплатить штраф. В 1936 году церковь была закрыта. Были сняты купола, кресты. 16 марта 1937 года в Клинцы приехал герой Советского Союза Михаил Михайлович Громов. В Клинцах он навестил родителей своей жены, Нины Кухаркиной, выступил в помещении клуба фабрики им. Ногина. Громов рассказал о трудной и романтической профессии летчика и призвал открыть в Клинцах авиационный клуб. Летом того же года городская и партийная власть отдали под клуб здание Петропавловской церкви, предварительно содрав с нее купола. А в 1937 году были арестованы священнослужители Петропавловской церкви. Все они погибли. Казалось, с религией было покончено навсегда.
Но в 1941 году оккупанты разрешили верующим восстановить свои храмы и свободно исповедовать религию. Таким отношением к религии оккупанты пытались противопоставить себя, свою оккупационную политику большевикам и заполучить благосклонность завоеванного народа. Прихожане же исходили из того, что Бог выше политики. Все, для кого Петропавловская церковь была родным домом, собрались, помолились и, положившись на волю Бога, взялись за восстановление храма. На свои скудные средства, своими руками люди восстановили церковь. Чертежи храма отсутствовали, поэтому при восстановлении очертания купольного завершения колокольни изменились. В 1942 году церковь была освящена и началась служба. В 1943 году, когда немцы стали готовиться к отступлению, у прихожан появилась тревога за судьбу храма. Но за годы войны Сталин изменил свое отношение к церкви, видимо, почувствовал, что без поддержки верующей части населения, без поддержки церкви врага не одолеть.
Когда в Клинцы вошли красные, Советская власть, к радости верующих, не только не закрыла храм, но даже разрешила зарегистрировать церковные общины. Тогда заново был перестроен иконостас, полностью восстановлено внутреннее убранство церкви. В церковной сторожке поселился священник. Храм в те годы принадлежал Орловской епархии.
Еще с дореволюционных времен Петропавловская церковь была обнесена высокой кирпичной оградой, которая в 1930-е годы не была разрушена. Сохранились даже надгробные плиты погребенных у стен церкви граждан города. От паперти церкви к Большой улице вел длинный, около ста метров, проход шириной до 5 метров. Зажатый между высоких, четырехметровых стен проход напоминал коридор. Вдоль центральной дорожки, вымощенной красным кирпичом, росли с обеих сторон цветы и кустарники. Вход со стороны Большой улицы был украшен ажурной кованой решеткой ограды и воротами с калиткой. При входе, справа от ворот находилась часовня, поставленная в память гибели великого реформатора, императора Александра Второго. Часовня носила имя его небесного покровителя, святого Александра Невского. Здание часовни было в форме куба, украшенного художественной кирпичной кладкой и накрытого невысоким куполом. Часовня выступала за красную линию улицы и несколько сужала проход по тротуару. Но это не мешало пешеходам.
Почти 15 лет до 1962 года община Петропавловской церкви жила своей жизнью. Внешне, казалось, все обстоит благополучно. Но никто не знал, каким было отношение власти к людям верующим. Уже в первые послевоенные годы отношение к верующим стало меняться. Снова появилась подозрительность, возобновилась слежка и доносительство о жизни в общине. Верующим не давали служебного роста, не присваивали заслуженных званий передовика производства, “забывали” начислять премии. Молодежь в храм не пускали. Перед службой у ворот храма дежурили дружинники и наблюдали, кто входит в храм. А на Пасху выделялся дополнительно наряд милиции, чтобы не пропускать молодежь в церковь. В конце Хрущевской “оттепели” наступили “заморозки”: власти стали закрывать и сносить церкви, готовиться к “пришествию” Коммунизма. “Пришествие” Коммунизма было назначено на 1980-й год.
В 1962 году настала очередь клинцовской Петропавловской церкви. Сначала в клинцовской газете “Труд” стали часто появляться статьи, в которых доказывалось, что церковь всегда защищала классовые интересы эксплуататоров, призывала безропотно подчиняться своим царям, использовала церковные посты для оправдания голода, в который ввергали крестьян помещики-эксплуататоры. Наконец власти предупредили священника Андрея Жамойтина о предстоящем закрытии храма, и он срочно выехал в епархию за советом.
Церковь не удалось отстоять. Закрытый и оскверненный храм почти год стоял с покосившимся набок крестом. А когда страсти улеглись, церковь стали перестраивать в спортивный клуб. В течение нескольких месяцев школьников, комсомольцев водили вместо уроков физкультуры соскабливать со стен храма иконопись, выламывать из земли чугунные надгробия почетных граждан города и сдавать в металлолом. Это называлось “воспитывать молодежь в духе коммунизма и преданности делу родной коммунистической партии”.
Возрождение храма началось в 1991 году. Помогла “перестройка”. Церковь восстановлена молитвами и делами священника Александра Жамойтина. Низкий поклон ему и вечная память!
Внешний облик церкви приближен к первоначальному проекту. Внутри здания теперь не деревянные, а мраморные полы. Стенная роспись восстановлена местным художником Александром Андреевичем Цыриком. Храм вновь освящен и теперь ему предстоит долгая жизнь. Моя хорошая знакомая, Оксана Иосифовна Курцвайль недавно подарила приходу Петропавловской церкви уникальную икону Николая Угодника, икона написана на белом мраморе. Священник сказал, что это самый дорогой подарок для церкви и будет храниться в Петропавлоаской церкви вечно. Хочется, чтобы список жертвователей приумножался и, чтобы о каждом подношении церкви было известно прихожанам...
Р.И. Перекрестов. "Клинцовский летописец". Книга I. Исследования. Документы. Воспоминания. Клинцы, 2007, стр. 256-264