Надвратный храм Преображения Господня является уникальным памятником истории и культуры федерального значения. Первое упоминание о Святых вратах, очевидно деревянных, относится к описи 1596-1598 гг. Каменный одноглавый надвратный храм над южными Святыми воротами обители был построен на рубеже ХVI-ХVII вв. во время царствования Бориса Годунова, который лично присутствовал на его освящении. Монастырь тогда выполнял роль крепости-сторожи на западных рубежах Московского государства. В 1681-1692 годах монастырь обнесли каменной стеной с 6-ю башнями, которые примкнули к стенам Преображенской церкви со Святыми воротами. В 1812 году Лужецкая обитель была разграблена и осквернена. Вестфальский корпус генерала Жюно устроил казарму в Веденском храме, столярную мастерскую в церкви прп. Ферапонта, а в трапезной и кельях конюшню. При отступлении врага нескольким монахам удалось предотвратить пожар, загасив объятый огнём иконостас соборного храма. Тогда был осквернён и повреждён надвратный храм Спаса Преображения. После прихода сюда вновь монахов, в процессе восстановления осквернённой и порушенной обители, было принято решение перекрыть свод церкви купольным завершением.
После закрытия монастыря в 1922 году здание использовалось для "нужд Красной Армии", Фурнитурной фабрики, цеха завода медоборудования, впоследствии пустовало и разрушалось. В 1960-1970-х годов по проекту архитектора Н. И. Иванова проводились частичные реставрационные работы. В 1993 году монастырские здания были переданы Церкви, и в обители вновь возобновилась монашеская жизнь.
К 2013 году Министерством культуры Московской области был создан проект восстановления Лужецкой Ферапонтовой обители. На средства Благотворительного фонда Московской епархии по восстановлению порушенных святынь были проведены первоочередные противоаварийные работы. В 2017 году митрополит Ювеналий благословил начать восстановление надвратного Преображенского храма, и уже 25 августа 2019 года совершил великое освящение надвратного храма в честь Преображения Господня Лужецкого Ферапонтова мужского монастыря города Можайска.
Из журнала: "Московские епархиальные ведомости", Выпуск №8-9, 2019