Первый храм града Можайска был выстроен примерно в одно время с постройкой детинца на территории Можайского кремля в ХIII веке. Был он построен тогда конечно же из дерева. При удельном Можайском князе Андрее, сыне великого князя Дмитрия Донского, собор в конце ХIV- начале ХV века перестраивается в камне. Освящён был во имя свт. Николая Чудотворца. По виду он напоминал Успенский собор на Звенигородском городке. Вероятно, их строила одна артель мастеров. В 1450-1475 гг. к южной стороне собора, справа от входа, была пристроена придельная церковь св. Георгия. С кон. ХV столетия этот главный храм Можайской крепости, да и всего города, можайцы стали называть в честь покровителя города - свт. Николая Можайского.
Самое раннее письменное упоминание собора относится к 1536 году. Второе известное упоминание относится к 1541 году, которое можно и по сей день прочесть на камне с северной стороны собора: "Лета 7049 делали паперть, да и город делали тогож лета". Во время польско-литовского нашествия храм был разграблен, но здание уцелело. Строивший в 1624-1626 годах Можайскую крепость Иван Измаилов сообщил патриарху Филарету о том, что ему было велено "поделать соборную церковь Николы Чудотворца", и что он ту отделку сделал. В 1683-1685 гг. был перестроен надвратный храм на Никольских воротах, получивший название Новый Никольский собор (верхний), а древний городской собор стал именоваться Старым Никольским (нижним). В кон. ХVII в собор сильно обветшал и нуждался в ремонте.
В 1688 году протопоп Терентий и казначей Андрей Владыкин отправили патриарху Иоакиму челобитную с просьбой выделить средства на ремонт собора, на что патриарх 22 сентября 1688 года выдал 48 рублей 12 алтын и 3 деньги на покупку железа для обвязки стен. В следующем году работы по укреплению стены были завершены. По периметру собор был обвязан железным поясом, а на месте разобраного Георгиевского придела был поставлен контрфорс. В 1758 году крышу собора покрыли новым железом, о чём на металлическом подзоре кровли над южной алтарной апсидой была сделана надпись: "Былъ покрытъ 1758". В это время старая позакомарная кровля была заменена на четырёхскатную, а к куполу была приделана "шея" с дополнительной главкой. Храм сильно пострадал во время войны 1812 года - он был разграблен и выжжен. От пожара металлические стяжки лопнули, стены повредились, образовались трещины. После ухода непрятеля из Можайска стены собора были вновь укреплены.
В 1814 году в пустующий собор была передана церковная утварь и храмовая икона из церкви Илии Пророка, что в Ильинской Слободе (сохранилась до наших дней). По просьбе протоирея, собор был переименован в Ильинский, получив статус приходской церкви. К 1830-м годам храм пришёл в аварийное состояние и требовал капитального ремонта. Церковь настолько обветшала, что с 27 августа богослужения прекратились. В конце 1831 года за восстановление собора взялся Дмитрий Фомич Борисов, известный русский архитектор. За проектные и обмерные работы он попросил 200 рублей, но получил отказ от духовенства. Несмотря на это, он всё же произвёл обмеры, выполнил планы, а так же составил смету на восстановление в сумме 10014 рублей 18 копеек. 2 декабря 1832 года пришёл указ за подписью митрополита Филарета на дозволение исправить ветхости, однако работы так и не начались по причине отсутствия денег в церковной казне. Не начались работы и в 1835 году, когда новая смета составила уже 11872 рублей 84 копейки по причине тогоже безденежья. В 1835 году городское духовенство пригласило другого архитектора из Московской Казённой палаты.
Академик Фёдор Шестаков составил свой проект и к нему смету 12111 рублей 70 копеек. Новый проект предполагал полную перестройку собора в трактовке ХIХ века, в кирпиче, с сохранением белокаменных деталей. 22 июня 1837 года из Москвы пришёл указ об разборе нижнего Никольского собора по ветхости, а годный материал "...употребить на сооружение в сим месте приличной часовни". Горожане были возмущены таким решением. В это время продолжилась административная волокита, храм ещё больше стал разрушаться, и в конце концов настолько обветшал, что когда приступили к исполнению работ, 3 июня в полночь 1844 года собор обвалился. В 1846 году решено было разобрать остатки храма и построить на его фундаменте новый по проекту Шестакова. Из-за экономических соображений подряд отдали не архитектору, а обычному крестьянину-каменщику Прокопию Михайловичу Щеглову из села Борисовское Владимирской губернии. По условиям договора, Щеглов должен был разобрать остатки сводов и столбов рухнувшего собора, а затем возвести копию прежнего здания по проекту Шестакова в кирпиче, используя фрагменты старого собора. За работу Щеглов запросил серебром 1714 рублей и 21 с половиной копейки. Помогали ему 25 каменщиков. К 1849 году строительные работы были завершены.
В июле 1851 года купцы Владимир Александров, Александр и Ефим Астафьевы собрали 2000 рублей серебром и оплатили заказ на устройство в храме нового иконостаса, престола с жертвенником, запрестольного креста, икон и двух клиросов. В 1852 году собор был окончательно восстановлен, храмовую икону вернули обратно в Ильинскую церковь, а сам собор переосвятили из Ильинского в Петропавловский. С тех пор здание не перестраивалось.
В 1930 году собор был закрыт и разграблен. В помещении было установлено междуэтажное перекрытие. Здание использовалось под склад. Во время Великой Отечественной войны здание собора не было разрушено. К 1960-м годам его "слегка" отреставрировали, после чего в нём решено было разместить Можайский городской музей. Музей действовал в нём и в 1990-е годы. В 2003 году собор передали Церкви, после чего в храме начались реставрационные работы, в результате которых был укреплён фундамент здания, очищены стены, узорчатый фриз из белого камня, перспективные порталы, а также в 2012 году вместо барочной главы была водружена на барабан медная луковичная главка.
Материал с сайта: Города-награждённые-орденом-отечественной-войны. Политика-России.рф/здания и сооружения Можайска/церковь Петра и Павла-Старо-Никольский собор
