Церковь Иоанна Милостивого была построена в 1780 г. (по другим данным в 1850 г.) на окраине города в исторической местности Обжаровщина на Иоанна-Богословском (Иоанна-Милостивском) кладбище, которое возникло в 1732 году. В 18 веке каменная церковь была построена на месте деревянной.
Каменная, оштукатуренная, пятидольная (пятисрубная), крестообразная в плане церковь, удлинённая по оси запад - восток. С севера и юга к кубическому основному объёму примыкают прямоугольные в плане приделы. Апсида прямоугольная. Венчает однозаломный (одноуступный) купол с глухим фонариком и главкой на восьмигранном (восьмерик) световом барабане. С запада примыкает колокольня - четверик на четверике, увенчанный однозаломным куполом с глухим фонариком и главкой. Ярус звонов колокольни с арочными проёмами. Имеет три входа - западный со стороны колокольни, два со стороны северного и южного приделов.
Приказом Министерства культуры и туризма от 21.12.2012 № 1566 присвоен статус памятник архитектуры местного значения с охранным № 10064-Чр под названием Церковь Иоанна Милостивого.
Церковь Иоанна Милостивого (Нежин). Чернигов: Энциклопедический справочник. – К.: УРЭ и г. М.П. Бажана, 1990 г.