Богоявленская церковь построена на территории бывшего Нежинского замка (отсюда - "Замковая" церковь). Вначале - здание прямоугольного плана. В 1826 г. пристроен купол, с Запада - колокольня, а возле боковых входов колонные портики. Купол и портики не сохранились, колокольня восстанавливается. В советские времена церковь находилась на территории рынка и использовалась под складские помещения претерпев значительные перестройки - замурованы окна, сделаны перекрытия для 2-го этажа и в том обрубке сложно было угадать бывший храм. В начале 2000-х гг. здание было передано приходу УПЦ (МП) и с тех пор достаточно быстро восстанавливается. Внутренний интерьер восстановлен полностью (кроме росписей стен). Построены хоры, установлен резной иконостас (иконостасы нежинских мастеров-резчиков издавна славились и в последнее десятилетие это искусство возрождается с новой силой).

«В замке, продолжает старая опись, каменная церковь во имя Богоявления с приделом Тихвинской Богоматери; напротив каменный церковный погреб и двор коменданта», по прежнему воеводы. Этот храм построен в 1721 г. так показано в старой церковной описи. Храм до 1826 г. имел вид дома, а в этом году устроен с куполом и оставлен один престол. Древняя икона Богоявления, с надписью: «1702 г. апр. 2 д. сей образ приложил в верхнем городе в Нежине в соборную церковь Богоявления Господня околничей Никита Иванович Акинфов». К иконе св. Иоанна воина прибегают с молитвою за ненавидящих и обидящих. Книги: трифолог львов.п. 1643 г., октоих м.п. 1643 г., общая минея м.п. 1696 г.

Доход с 6 лавок обращается частью в пользу храма, частью в пользу причта.

Уездный город Нежин. Из «Историко-статистического описания Черниговской епархии». 1873 год.